针对您提出的“个人农产品未出具合格证案件怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际案例为您提供的详细解答：
一、案件性质与法律依据
个人农产品未出具合格证，主要违反了《中华人民共和国农产品质量安全法》的相关规定。具体来说，该法第三十九条第二款明确要求农产品生产企业、农民专业合作社以及从事农产品收购的单位或个人，在销售农产品时，应当根据质量安全控制、检测结果等开具承诺达标合格证，以承诺其销售的农产品符合质量安全标准。若未按照规定开具，则构成违法行为。
二、处理流程与措施
执法检查与发现：
- 农业农村部门或相关执法机构在开展农产品质量安全执法检查时，若发现个人销售的农产品未出具合格证，将依法进行调查取证。
责令整改：
- 对于初次发现且情节较轻的违法行为，执法人员通常会当场开具责令整改通知书，要求当事人在规定期限内（如数日内）改正违法行为，即补开承诺达标合格证。
复查与处罚：
- 若当事人在规定期限内未改正违法行为，执法人员将再次进行复查。复查时若仍发现未出具合格证，将依据《中华人民共和国农产品质量安全法》第七十三条之规定，对当事人进行行政处罚。处罚措施通常包括罚款，罚款金额根据违法情节的轻重，在一百元以上一千元以下范围内确定。
行政处罚履行：
- 当事人收到行政处罚决定书后，应在规定期限内（如15日内）到指定银行缴纳罚款。逾期不缴纳的，将依法加处罚款或采取其他强制执行措施。
三、案例参考
- 以雅安市芦山县的案例为例，赵某因未按照规定开具承诺达标合格证，被执法人员当场开具责令整改通知书。但赵某未在规定期限内改正，最终被处以100元的罚款。
- 另一个案例中，句容市的张某辉也因同样原因被处以罚款，这进一步说明了未出具合格证将面临的法律后果。
四、建议与提醒
- 加强法律意识：农产品销售者应增强法律意识，了解并遵守《中华人民共和国农产品质量安全法》的相关规定，确保销售的农产品符合质量安全标准。
- 主动开具合格证：在销售农产品时，应主动开具承诺达标合格证，以证明农产品的质量安全。这不仅是法律要求，也是对消费者负责的表现。
- 配合执法检查：在执法检查过程中，应积极配合执法人员的工作，如实提供相关信息和证据，以便执法人员准确判断违法情节并作出公正处理。
综上所述，个人农产品未出具合格证将面临法律处罚。为了保障农产品质量安全和维护市场秩序，请广大农产品销售者严格遵守相关法律法规，主动开具承诺达标合格证。