结论：公司停业两年且工人全部离职后申请破产，是否需要支付赔偿金需视具体情况而定，主要取决于公司是否依法履行了相关义务以及是否存在违法解除劳动合同等情形。以下从不同角度进行分析：
一、公司依法破产清算的情况
破产清算程序：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，公司破产清算需经过一系列法定程序，包括成立清算组、通知债权人申报债权、制定清算方案、清偿债务等。
- 在清算过程中，公司需按照法定顺序清偿债务，包括职工工资、社会保险费用和法定补偿金等。
赔偿金支付情况：
- 如果公司在停业期间已经依法与工人解除了劳动合同，并支付了相应的经济补偿金，那么在申请破产时，通常无需再额外支付赔偿金。
- 经济补偿金的支付标准通常依据劳动者在本单位工作的年限和月工资等因素确定，具体可参照《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。
二、公司违法解除劳动合同的情况
违法解除劳动合同的认定：
- 如果公司在停业期间未经法定程序或未依法支付经济补偿金而单方面解除与工人的劳动合同，可能构成违法解除。
赔偿金支付责任：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金。
- 赔偿金的支付标准通常为经济补偿金的两倍，具体计算方式可参照该法第四十七条和第八十七条的规定。
- 计算公式：赔偿金 = 经济补偿金 × 2 = （劳动者在本单位工作的年限 × 月工资）× 2（月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年）。
三、特殊情况下的赔偿金支付
未依法缴纳社会保险费用：
- 如果公司在停业期间未依法为工人缴纳社会保险费用，那么在申请破产时，可能需承担补缴社会保险费用及滞纳金的责任。
- 这虽然不直接表现为赔偿金，但对公司而言也是一项重要的财务负担。
其他违法情形：
- 如果公司存在其他违法情形，如拖欠工资、未提供劳动保护等，也可能需承担相应的赔偿责任。
四、建议与行动指南
审查劳动合同解除程序：
- 公司应仔细审查与工人解除劳动合同的程序是否合法，包括是否提前通知、是否支付经济补偿金等。
咨询专业律师：
- 鉴于破产清算和劳动合同解除等问题的复杂性，建议公司咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 你可以直接向我咨询，我擅长处理合同纠纷和公司事务领域的法律问题。
准备相关证据材料：
- 在申请破产前，公司应准备好与工人解除劳动合同的相关证据材料，如解除劳动合同通知书、经济补偿金支付凭证等，以证明公司已依法履行了相关义务。
综上所述，公司停业两年且工人全部离职后申请破产是否需要支付赔偿金，需根据具体情况判断。如果公司已依法履行了相关义务，则通常无需支付赔偿金；如果存在违法解除劳动合同等情形，则可能需承担相应的赔偿责任。