小时工自离时，甲方（用人单位）有权扣除的费用主要取决于双方签订的劳动合同或劳务协议中的约定，以及相关法律法规的规定。一般来说，甲方无权随意扣除小时工的工资，但在特定情况下，可以扣除部分费用。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣除的情况
代扣代缴费用：
- 个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，用人单位作为扣缴义务人，有权从员工的工资中代扣代缴个人所得税。这是法律规定的义务，小时工自离时，如果尚未缴纳个人所得税，甲方有权从其未支付的工资中扣除。
- 社会保险费用：如果小时工与甲方约定了社会保险的缴纳，且甲方已经为小时工缴纳了社会保险费用，那么在小时工自离时，甲方有权从其未支付的工资中扣除个人应承担的社会保险费用部分。但需要注意的是，这部分费用通常是在工资发放时就已经扣除的，如果甲方已经全额支付了工资，再要求扣除可能涉及违法。
赔偿损失：
- 因员工自离造成的直接经济损失：如果小时工的自离行为给甲方造成了直接的经济损失，如因未提前通知而导致甲方无法及时安排其他人员接替工作，从而产生的额外费用或损失，甲方有权要求小时工进行赔偿。但这种赔偿应当有明确的证据支持，且赔偿金额应当合理，不能随意扣除。
- 培训费用：如果甲方为小时工提供了专项培训费用，并与其约定了服务期，但小时工在服务期内自离，那么甲方有权要求小时工按照约定支付违约金或赔偿培训费用。但违约金的数额不得超过甲方提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
二、非法扣除的情况
无故克扣工资：
- 甲方无权无故克扣小时工的工资。如果小时工已经提供了劳动，甲方就应当按照约定支付工资。即使小时工自离，甲方也不能以此为由拒绝支付或克扣工资。
超出法定范围的扣除：
- 除了上述合法扣除的情况外，甲方不得以任何其他理由扣除小时工的工资。例如，甲方不得以小时工自离为由扣除其押金、保证金或其他非法定费用。
三、建议与注意事项
查看合同或协议：
- 小时工在自离前，应当仔细查看与甲方签订的劳动合同或劳务协议，了解其中关于自离、工资支付、赔偿等方面的约定。这有助于小时工了解自己的权利和义务，避免不必要的纠纷。
与甲方协商：
- 如果小时工自离后，甲方要求扣除部分费用，小时工可以与甲方进行协商，了解扣除的具体原因和金额。如果认为扣除不合理或违法，可以拒绝支付或要求甲方提供证据支持。
寻求法律援助：
- 如果小时工与甲方无法达成一致意见，或者认为甲方的扣除行为违法，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。这有助于维护小时工的合法权益，确保其得到公正的对待。
总结来说，小时工自离时，甲方有权扣除的费用主要限于代扣代缴费用（如个人所得税、社会保险费用）和因员工自离造成的直接经济损失（如有明确证据支持）。除此之外，甲方不得无故克扣或超出法定范围扣除小时工的工资。如有任何疑问或纠纷，建议小时工及时咨询专业律师或相关机构以获取帮助。