核心结论：签订合作协议后发生工伤，赔偿问题需根据合作协议性质、双方关系及法律规定综合判断，具体分以下几种情况处理：

1. 若合作协议被认定为劳动关系
   若双方实际构成劳动关系（如符合“用人单位招用劳动者，订立书面劳动合同”等特征），即使协议名称是“合作协议”，仍需按《工伤保险条例》处理：

   • 赔偿主体：用人单位需承担工伤保险责任，包括支付医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等；若未缴纳工伤保险，全部费用由用人单位承担。
     
   • 流程：先申请工伤认定（需在事故发生后1年内提出），再根据伤残等级申请劳动能力鉴定，最后依据鉴定结果主张赔偿。
     
   • 关键点：需证明双方存在事实劳动关系（如工资发放记录、考勤记录、工作安排等证据）。

2. 若合作协议被认定为劳务关系或承揽关系
   若双方实际是劳务提供方（如个人）与接受方（如企业）的关系，或构成承揽合同关系（如一方按对方要求完成工作并交付成果），则不适用工伤保险，但可主张以下赔偿：

   • 人身损害赔偿：根据《民法典》第1192条，提供劳务一方因劳务受到损害的，根据双方过错承担责任。例如：若因接受方未提供安全条件导致受伤，接受方需赔偿医疗费、误工费、护理费等；若提供劳务方自身过错（如违规操作），可减轻接受方责任。
     
   • 承揽关系：若定作人（委托方）对定作、指示或选任有过失（如要求承揽人完成危险作业但未提供安全保障），需承担相应赔偿责任。
     
   • 关键点：需证明损害事实、因果关系及双方过错程度（如现场照片、证人证言、安全规范文件等）。

3. 若合作协议明确约定了工伤处理条款
   若协议中已约定“发生工伤时按XX方式赔偿”（如约定由某方购买商业保险、固定赔偿金额等），且该条款不违反法律强制性规定（如排除劳动者权利的条款无效），则按协议约定执行。但需注意：

   • 若协议性质实际为劳动关系，约定排除工伤保险责任的条款无效；
     
   • 若协议性质为劳务或承揽关系，约定需明确、合理，且不得免除法定赔偿义务（如故意或重大过失导致损害仍需赔偿）。

行动建议：

• 第一步：梳理合作协议内容（如条款约定、双方权利义务）、实际履行情况（如工作方式、管理关系）及受伤经过（如时间、地点、原因）；
  
• 第二步：收集证据（如协议文本、工资记录、医疗记录、证人证言等）；
  
• 第三步：根据上述分类判断法律关系，再选择主张工伤保险赔偿或人身损害赔偿；
  
• 第四步：若协商不成，可向劳动仲裁委（劳动关系）或法院（劳务/承揽关系）提起仲裁或诉讼。
  

如有具体协议文本或案件细节，可直接向我咨询，我会进一步分析法律关系及赔偿路径。