针对您提出的“发票税率适用错误的法律规定”这一问题，我将结合相关税务法规为您提供详细、清晰的解答。

首先，发票税率的适用是根据具体的业务性质和税法规定来确定的。如果企业在开具发票时适用了错误的税率，那么可能会面临税务部门的处罚。这主要是因为税率的适用直接关系到国家税收的征收和企业的税负，因此必须严格按照税法规定执行。

以您提供的案例为例，温州某某物流有限公司因为替其他公司提供货物运输业务，并开具了税率为6%的服务类增值税发票，而被税务部门处罚。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则规定，该项业务应适用9%的增值税税率。由于企业未按照正确税率开具发票，导致少缴了增值税和城市维护建设税，因此被认定为偷税行为，并受到了相应的罚款。

此外，对于兼营行为，即企业同时提供不同税率或征收率的服务、货物等，税法也有明确规定。根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税[2016]36号文附件1）第三十九条，纳税人兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产，适用不同税率或者征收率的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。这意味着，如果企业未对兼营的不同业务进行分别核算，那么税务部门将按照较高的税率来征收税款。

另外，对于混合销售行为，即一项销售行为既涉及服务又涉及货物的，税法也有特殊规定。根据财税〔2016〕36号附件1第四十条，混合销售行为应当依据主业来纳税。以销售货物为主的纳税人的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；以销售服务为主的纳税人的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。

综上所述，发票税率的适用必须严格遵守税法规定，对于兼营行为和混合销售行为也需要按照税法要求进行核算和纳税。如果企业在税务处理上存在疑问或不确定的地方，建议及时咨询专业的税务机构或税务部门，以避免因税率适用错误而带来的税务风险。