结论：公司因请假系统问题导致您产假多休，而要求按事假处理扣除工资的做法，通常是不合理的。您有权要求公司按照实际产假天数支付工资，若公司拒绝，您可以通过法律途径维护自己的权益。

详细分析：

1. 产假天数的确定：

   • 产假天数通常由国家法律法规明确规定，如《女职工劳动保护特别规定》等，这些规定明确了女职工在生育期间应享受的产假天数。
   • 请假系统的问题属于公司内部管理问题，不应由员工承担不利后果。即，即使因系统问题导致产假记录有误，也不应影响您实际应享受的产假天数。

2. 工资支付义务：

   • 根据劳动法规定，员工在产假期间，公司应按照其正常工资标准支付工资。这是公司的法定义务，不得因任何原因（包括系统问题）而免除或减轻。
   • 若公司因系统问题而错误地记录了您的产假天数，并据此要求按事假处理扣除工资，这违反了劳动法的规定，您有权拒绝并要求公司纠正。

3. 可能的法律后果：

   • 如果公司坚持按事假处理并扣除工资，您可以向当地劳动监察部门投诉，要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
   • 您还可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。在这些程序中，您需要提供相关证据（如产假记录、工资单等）来证明公司的违法行为。

4. 建议行动：

   • 首先，与公司进行沟通，明确说明产假天数的法律规定以及公司应支付的工资义务，要求公司纠正错误并支付被扣除的工资。
   • 如果公司拒绝纠正，您可以收集相关证据，并向当地劳动监察部门投诉或考虑提起劳动仲裁或诉讼。

额外提醒：

• 在处理此类问题时，建议您保留好所有相关证据，如产假申请记录、工资单、与公司的沟通记录等，以便在需要时提供证明。
• 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到有效维护，可以寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我擅长处理婚姻家庭、刑事辩护、交通事故、经济纠纷、合同纠纷、劳动纠纷、房产纠纷等领域的问题，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。