解除劳动关系协议中的放弃条款，一般不能溯及已提起的仲裁，但具体还需根据协议内容、签订时间以及仲裁请求的具体情况来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、放弃条款的效力范围
放弃条款通常是双方当事人在解除劳动关系时，就某些权益或请求权达成的合意放弃。这种放弃一般具有相对性，即仅对协议签订后的行为或请求产生效力，而不应溯及既往，影响已经发生的法律行为或已经提出的法律请求。
二、仲裁请求的独立性
仲裁请求是劳动者或用人单位在劳动争议发生后，向劳动争议仲裁委员会提出的，要求解决争议、维护自身权益的请求。一旦仲裁请求被提出，就具有了相对的独立性，其处理结果应基于事实和法律，而非双方后续达成的协议。
三、具体情形分析
放弃条款签订在仲裁请求提出之前：
- 如果放弃条款是在劳动者提出仲裁请求之前签订的，且该条款明确包含了放弃已发生或可能发生的劳动争议权益的内容，那么该条款可能因违反法律强制性规定或显失公平而被认定无效。在此情况下，放弃条款不能溯及已提起的仲裁，仲裁请求仍应得到处理。
放弃条款签订在仲裁请求提出之后：
- 如果放弃条款是在劳动者提出仲裁请求之后签订的，且双方明确约定该条款旨在解决当前仲裁争议，那么该条款可能被视为双方对仲裁请求的和解或撤诉协议。然而，即使如此，该条款的效力也需经过仲裁委员会的审查确认，且不能违反法律强制性规定或损害第三方利益。若仲裁委员会认为该条款合法有效，且劳动者同意撤诉或和解，则仲裁程序可能因此终止；但若劳动者不同意，则仲裁程序将继续进行。
四、法律建议
对于劳动者：
- 在签订解除劳动关系协议时，务必仔细阅读协议内容，特别是放弃条款部分。如对条款内容有疑问或不确定，应及时咨询专业律师或劳动争议调解机构。
- 若已提出仲裁请求，且后续签订了包含放弃条款的协议，应确保该协议不违反自身真实意愿，且不损害自身合法权益。如认为协议存在不公平或违法情形，可及时向仲裁委员会或法院申请撤销或变更。
对于用人单位：
- 在制定解除劳动关系协议时，应确保协议内容合法合规，不违反法律强制性规定或损害劳动者合法权益。
- 如需与劳动者就仲裁请求达成和解或撤诉协议，应明确协议内容、效力范围及双方权利义务，并确保协议得到劳动者的明确同意和仲裁委员会的审查确认。
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