结论：公司未按税前工资赔偿但您已在赔偿协议上签字的情况下，能否主张要回差额部分，需视具体情况而定，主要取决于赔偿协议的签订是否存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形。
分析说明：
若赔偿协议签订时存在欺诈、胁迫情形：
- 根据《民法典》的相关规定，一方以欺诈、胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 若您能证明公司在签订赔偿协议时存在欺诈（如故意隐瞒真实工资情况）或胁迫（如以不签字就不给离职证明等相威胁）的行为，那么您有权请求撤销该协议，并主张按照税前工资标准获得赔偿。
若赔偿协议签订时存在重大误解或显失公平情形：
- 重大误解指的是行为人因对行为的性质、对方当事人、标的物的品种、质量、规格和数量等的错误认识，使行为的后果与自己的意思相悖，并造成较大损失的。
- 显失公平则是指一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的。
- 若您因对公司工资计算方式、赔偿标准等存在重大误解而签订了赔偿协议，或者该协议在签订时明显对您不利（如赔偿金额远低于税前工资应得的赔偿），那么您同样有权请求撤销或变更该协议。
若赔偿协议签订时不存在上述情形：
- 若您在签订赔偿协议时，对公司的工资计算方式、赔偿标准等有充分了解，且协议内容系双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形，那么该协议即具有法律效力。
- 在此情况下，您已签字确认的赔偿协议将成为您主张权利的依据，您难以再主张要回差额部分。
行动建议：
- 收集证据：若您认为赔偿协议的签订存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形，应尽快收集相关证据，如工资条、银行流水、聊天记录、录音录像等，以证明您的主张。
- 咨询律师：在收集到足够证据后，建议您咨询专业律师，以便更准确地评估您的法律权益和可能的诉讼风险。
- 协商或诉讼：根据律师的建议，您可以尝试与公司进行协商，寻求和解；若协商无果，您也可以向人民法院提起诉讼，请求撤销或变更赔偿协议。
后续思考依据：
- 在处理此类纠纷时，关键在于证明赔偿协议的签订是否存在法律规定的可撤销或变更情形。因此，证据的收集和整理将至关重要。
- 同时，您也应了解，即使赔偿协议被撤销或变更，您所能获得的赔偿金额也将受到法律规定的限制，如赔偿年限、赔偿标准等。因此，在主张权利时，您应合理设定预期目标。
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