结论：加班工资按照基本工资两千元发放是否合法，需根据具体情况判断。若两千元不低于当地最低工资标准，且符合加班工资计算的相关规定，则是合法的；若低于当地最低工资标准，或加班工资计算方式不符合规定，则不合法。

分析说明：

1. 加班工资的计算基础：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班工资的计算通常基于劳动者的正常工作时间工资，也即基本工资。但这里的关键是，基本工资不得低于当地的最低工资标准。
   • 如果基本工资两千元不低于当地的最低工资标准，那么以此为基础计算加班工资是合法的。

2. 加班工资的计算方式：

   • 工作日加班：加班工资应不低于劳动者本人小时工资标准的150%。
   • 休息日加班且不能安排补休：加班工资应不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%。
   • 法定节假日加班：加班工资应不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%。
   • 计算公式示例（以工作日加班为例）：
     • 假设劳动者月基本工资为2000元，月计薪天数为21.75天，日工资为\(2000{\div}21.75\approx91.95\)元，小时工资为\(91.95{\div}8\approx11.49\)元。
     • 工作日加班1小时，加班工资应不低于\(11.49\times150\%\approx17.24\)元。
   • 如果薪资确认单中规定的加班工资计算方式符合上述标准，且以不低于最低工资标准的基本工资为基础，则是合法的。

3. 最低工资标准的考量：

   • 如果基本工资两千元低于当地的最低工资标准，那么以此为基础计算的加班工资也将是不合法的，因为加班工资的计算基础本身就不合法。

行动建议：

• 核实最低工资标准：首先，你需要核实你所在地区的最低工资标准，确保你的基本工资不低于这一标准。
• 检查加班工资计算方式：其次，检查你的薪资确认单或劳动合同中关于加班工资的计算方式，确保它符合《劳动法》及相关规定。
• 寻求法律帮助：如果你发现你的加班工资计算方式存在问题，或者你的基本工资低于最低工资标准，你可以向我进一步咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。

后续思考依据：

• 劳动法律法规是保护劳动者权益的重要依据，了解并遵守这些规定对于维护自身权益至关重要。
• 在面对可能的劳动纠纷时，及时寻求法律帮助是明智的选择，可以避免不必要的损失和风险。