核心结论：仅签订合作协议，一般情况下不能直接证明存在劳动关系，但若合作协议实际履行情况符合劳动关系特征，可通过收集多方面证据来证明劳动关系。以下分情况详细说明：

1. 合作协议本身不能直接证明劳动关系
   • 合作协议通常是平等主体之间基于合作目的而签订的合同，其性质与劳动合同有本质区别。劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，它强调的是劳动者对用人单位的从属性，包括人格从属、经济从属和组织从属等方面。而合作协议往往更注重双方在特定项目、业务上的合作与利益分配，双方地位相对平等，不存在严格的管理与被管理关系。
   • 例如，两个公司签订合作协议共同开发一款产品，双方各自投入资源、技术，按照约定分享成果和承担风险，这种情况下双方不存在劳动关系。又如，个人与某企业签订合作协议，以个人专业技能为企业提供特定服务，按项目成果获取报酬，也不属于劳动关系。
2. 若合作协议实际履行符合劳动关系特征，可通过以下证据证明劳动关系
   • 工资支付凭证或记录：如银行转账记录、工资条等，能显示用人单位定期向劳动者支付工资，这是劳动关系中经济从属性的重要体现。如果合作协议履行过程中，一方定期向另一方支付固定金额的款项，且款项性质符合工资特征，可作为证明劳动关系的证据之一。
   • 工作证件、服务证等：这些证件能够证明劳动者在用人单位的工作身份和岗位，是劳动关系存在的直观证据。例如，合作方为劳动者发放的工作牌、门禁卡等，上面可能标注有用人单位名称、劳动者姓名和岗位等信息。
   • 招聘登记表、报名表等招用记录：这些记录反映了用人单位招聘劳动者的过程，是劳动关系建立的前期证据。如果合作协议签订前或签订过程中有相关的招用记录，且记录中的信息与实际合作情况相符，有助于证明劳动关系。
   • 考勤记录：考勤记录可以证明劳动者按照用人单位的要求按时上下班，接受用人单位的管理，是劳动关系中组织从属性的体现。如果合作期间一方对另一方有考勤要求，并留存了考勤记录，如打卡记录、签到表等，可作为证明劳动关系的证据。
   • 其他劳动者的证言：与劳动者在同一用人单位工作的其他人员的证言，可以从侧面证明劳动者与用人单位之间存在劳动关系。例如，其他合作方工作人员证实某劳动者在该单位从事特定工作、接受管理等情况。
   • 工作邮件、微信聊天记录等：这些电子数据可以记录劳动者与用人单位之间的工作沟通情况，包括工作任务安排、工作进展汇报等，能够反映劳动者为用人单位提供劳动的事实。例如，合作协议履行过程中，双方通过邮件或微信沟通工作事项，邮件或聊天记录中明确显示了劳动者的工作内容和用人单位的管理要求。

建议：如果在实际合作过程中，你认为自己与对方存在事实劳动关系，但仅签订了合作协议，建议及时收集上述相关证据，以维护自己的合法权益。若在证据收集或劳动关系认定过程中遇到问题，可直接向我咨询。