结论：在承揽合同中，发包人垫付劳务者的医疗费能否在承揽费用案件中主张扣除，需视具体情况而定，主要取决于合同约定、事故责任划分以及法律的具体规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同有明确约定的情况
若合同中明确约定了发包人垫付医疗费的处理方式：
- 例如，合同中约定“若因劳务者原因导致事故，发包人垫付的医疗费可从承揽费用中扣除”，则在此情况下，发包人垫付的医疗费可以直接在承揽费用中主张扣除。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方可以约定合同的内容，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
若合同中未明确约定但双方事后达成补充协议：
- 双方可以就垫付医疗费的处理方式达成补充协议，明确是否可以从承揽费用中扣除。
- 法律依据：同样依据《民法典》，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充。
二、合同无明确约定且未达成补充协议的情况
若事故责任完全在劳务者：
- 发包人垫付的医疗费，从公平原则和过错责任原则出发，发包人有权要求劳务者或承揽人（若承揽人需对劳务者行为负责）承担。在承揽费用案件中，若承揽人需对劳务者行为负责，发包人可主张从承揽费用中扣除垫付的医疗费。
- 法律逻辑：根据过错责任原则，因劳务者过错导致的事故，应由劳务者或其责任主体（如承揽人）承担损失。
若事故责任部分在劳务者，部分在发包人：
- 发包人垫付的医疗费，应按照各自过错的比例分担。在承揽费用案件中，发包人只能主张扣除其应承担比例之外的垫付医疗费部分。
- 法律依据：根据《民法典》中关于侵权责任的规定，被侵权人对损害的发生也有过错的，可以减轻侵权人的责任。
若事故责任完全在发包人：
- 发包人垫付的医疗费应由其自行承担，无权在承揽费用案件中主张扣除。
- 法律逻辑：根据过错责任原则，发包人需对其自身过错导致的事故承担全部责任。
三、特殊情况考虑
- 若劳务者因工作遭受事故伤害，且符合工伤保险待遇条件：
- 劳务者应享受工伤保险待遇，发包人垫付的医疗费可能通过工伤保险基金进行报销。在此情况下，发包人垫付的医疗费一般不应直接从承揽费用中扣除，而是应通过工伤保险程序处理。
- 法律依据：根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。
建议：在实际操作中，发包人应首先审查承揽合同中的相关条款，明确双方的权利和义务。若合同中无明确约定，应及时与承揽人或劳务者协商，达成补充协议或明确责任划分。在无法协商一致的情况下，可寻求法律途径解决争议。如有具体法律问题，可直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。