结论：实习生干了两个月，仅因签不了三方协议而直接辞退，通常是不合法的，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、三方协议的性质与实习生身份
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它并非劳动合同，而是毕业生与用人单位之间约定就业意向的协议。实习生，在多数情况下，并不属于正式的劳动者，而是基于学习、实践的目的在用人单位进行工作。然而，如果实习生与用人单位之间形成了事实上的劳动关系，如实习生接受用人单位的管理、从事用人单位安排的有报酬的劳动等，那么实习生就可能被视为劳动者，受到劳动法的保护。
二、辞退实习生的合法性分析
若实习生未形成事实劳动关系：
- 在这种情况下，实习生与用人单位之间的关系主要受三方协议（如果已签订）或实习协议（如果存在）的约束。如果因为签不了三方协议而直接辞退实习生，且辞退行为违反了实习协议中的相关条款，那么用人单位可能构成违约，需要承担相应的违约责任。但值得注意的是，这种违约责任通常限于民事赔偿，而不涉及劳动法的相关规定。
若实习生形成了事实劳动关系：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位辞退劳动者需要符合法定的条件和程序。如果仅因签不了三方协议而直接辞退实习生，且该实习生已形成事实劳动关系，那么用人单位的行为可能构成违法辞退。违法辞退劳动者，用人单位需要支付经济补偿金，甚至可能面临更严重的法律后果。
三、建议与措施
对于用人单位：
- 在决定辞退实习生前，应仔细审查实习生与用人单位之间的关系，判断是否形成了事实劳动关系。
- 如果形成了事实劳动关系，应依法履行辞退程序，如提前通知、支付经济补偿金等。
- 如果未形成事实劳动关系，也应遵守实习协议中的相关条款，避免违约行为的发生。
对于实习生：
- 如果认为自己与用人单位之间形成了事实劳动关系，且被违法辞退，可以收集相关证据（如工作证、工资条、考勤记录等）向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 如果未形成事实劳动关系，但认为用人单位的辞退行为违反了实习协议，可以依据协议中的争议解决条款与用人单位协商解决，或向法院提起诉讼。
最后，三方协议的签订与否并不是辞退实习生的合法依据。用人单位在辞退实习生时，应依法行事，避免违法辞退带来的法律风险。实习生也应了解自己的权益，必要时寻求法律帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。