工厂两天放休假是否合法，不能一概而论，需要结合具体的工作时间安排和当地的劳动法规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、标准工时制度下的合法性
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，《国务院关于职工工作时间的规定》第三条进一步明确，职工每日工作8小时，每周工作40小时。
- 依据《劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
合法性分析：
- 在标准工时制度下，如果工厂每周安排劳动者工作六天，每天工作八小时，那么每周总工作时间为48小时，这超过了每周40小时的标准工作时间，但满足了每周至少休息一日的要求。然而，超出40小时的部分应视为加班，工厂需按照法律规定支付加班工资。
- 如果工厂两周内安排劳动者工作12天，休息2天，且总工作时间未超过法定标准（考虑到可能的加班情况，需具体计算），同时保证了劳动者每周至少有一天休息时间，那么这种安排在形式上可能不直接违反每周休息一日的规定，但需进一步审查总工作时间和加班工资支付情况。不过，若两周仅休息两天，平均每周休息不足一日，则很可能违反《劳动法》关于每周至少休息一日的规定。
二、特殊工时制度下的合法性
法律规定：
- 工厂可能实行综合计算工时工作制或不定时工作制，这些特殊工时制度需经过劳动行政部门的审批。
合法性分析：
- 如果工厂实行了特殊工时制度，并且经过了劳动行政部门的审批，那么一个月休息两天可能是合法的，前提是总的工作时间和休息安排符合相关法规的要求。例如，在综合计算工时工作制下，工厂可能在一个计算周期内（如一个月）安排劳动者工作更多天数，但保证平均每日和每周的工作时间不超过法定标准，并支付相应的加班工资。
- 在某些特殊行业或岗位，由于生产特点或工作需要，可能无法实行标准工时制度。在这种情况下，如果工厂能够证明其工时制度符合法律法规，并且保障了劳动者的基本权益（如合理的加班工资、足够的休息时间等），那么一个月休息两天也可能被视为合法。
三、违法情况的判断
未实行特殊工时制度或未审批：
- 如果工厂未实行特殊工时制度，或者虽然实行了但未经过劳动行政部门审批，却要求员工一个月只休息两天，这很可能违反了《劳动法》关于工时制度和休息日的规定。
总工作时间过长或未支付加班工资：
- 即使工厂实行了特殊工时制度，但如果总的工作时间过长，或者未按照法律规定支付加班工资，那么一个月休息两天仍然可能构成违法。
四、实际判断方法与建议
审查工时制度类型：
- 了解工厂是否实行了特殊工时制度，以及该制度是否经过了劳动行政部门的审批。
计算总工作时间：
- 计算员工每月的总工作时间，包括正常工作时间和加班时间，确保不超过法定标准。
检查加班工资支付：
- 对于超出法定工作时间的部分，检查工厂是否按照法律规定支付了加班工资。
关注员工意愿与健康状况：
- 长时间的工作可能对员工的身体健康造成影响，需关注员工是否对此表示异议，并考虑其健康状况。
若您遇到工厂休假安排不合理的情况，建议首先与工厂沟通协商，若无法达成一致，可以向当地劳动行政部门投诉或寻求法律援助。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。