农村私建无合法手续的房子，主要由自然资源部门（原国土资源部门）和农业农村部门负责管理，具体视情况而定。以下分情况详细说明：
涉及土地违法问题：如果私建房子占用了耕地、基本农田等农用地，或者未经批准擅自改变了土地用途（比如将农用地转为建设用地），这属于土地违法行为。根据《土地管理法》的相关规定，自然资源部门（原国土资源部门）是负责土地管理和监督的部门，有权对这类违法行为进行查处，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。
涉及农村宅基地管理问题：如果私建房子是在农村宅基地上进行的，但未经批准或者未按照批准的范围和标准进行建设，这涉及到农村宅基地的管理问题。根据《土地管理法》和《农业农村部关于进一步加强农村宅基地管理的通知》等规定，农业农村部门负责农村宅基地的改革和管理有关工作，包括宅基地的分配、使用、流转等。对于这类违法行为，农业农村部门有权进行查处，并要求当事人限期改正。
涉及城乡规划问题：如果私建房子位于乡村规划区内，但未取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设，这涉及到城乡规划问题。根据《城乡规划法》的规定，乡镇人民政府或者县级人民政府城乡规划主管部门（具体取决于地方政府的授权和分工）有权对这类违法行为进行查处，包括责令停止建设、限期改正、罚款等。
建议：如果你发现农村有私建无合法手续的房子，可以先向当地的自然资源部门、农业农村部门或者乡镇人民政府进行反映和举报。这些部门会根据具体情况进行调查和处理。同时，如果你自己或者身边的人有类似的情况，也建议尽快补办相关手续或者停止违法行为，以免面临法律风险和处罚。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。