农村自建房的合法性主要由县级以上人民政府自然资源主管部门或乡镇人民政府认定。具体分析如下：

一. 农村自建房合法性的认定部门

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村自建房需要使用宅基地的，需经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准。因此，县级以上人民政府自然资源主管部门在宅基地的审批和自建房合法性的认定上起着关键作用。

2. 乡镇人民政府：在部分地区，乡镇人民政府也负责农村自建房的合法性认定工作，包括宅基地的审批和建房规划的审核等。这主要依据地方性的法规和政策来执行。

• 例如，在某县，村民想要自建房屋，首先需要向乡镇人民政府提出申请，由乡镇人民政府审核后，再报县级人民政府批准。在这个过程中，县级以上人民政府自然资源主管部门和乡镇人民政府都参与了自建房合法性的认定。

二. 自建房合法性认定的流程

通常，农村自建房的合法性认定需要经历以下流程：

1. 村民向乡镇人民政府提出申请，提交相关材料，包括建房申请书、宅基地使用证明、建房规划图等。
2. 乡镇人民政府对申请材料进行审核，确认符合规定后，报县级人民政府批准。
3. 县级人民政府自然资源主管部门对宅基地进行审批，并颁发相关证件，确认自建房的合法性。

综上所述，农村自建房的合法性主要由县级以上人民政府自然资源主管部门或乡镇人民政府进行认定。在申请自建房时，建议村民先了解当地的法规和政策，确保按照规定的流程进行申请和审批，以避免出现违法建房的情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。