要证明历史遗留宅基地房屋是合法建造的，通常应向当地的自然资源部门（原国土资源部门）或农业农村部门申请认定。以下是从不同角度的详细分析：
一、申请认定的部门选择
自然资源部门（原国土资源部门）：
- 宅基地的使用和管理通常由自然资源部门负责。该部门负责宅基地的规划、审批、登记等工作，因此，对于宅基地上房屋的合法性认定，自然资源部门具有权威性和专业性。
- 您可以向当地的自然资源部门提交申请，提供相关证明材料，如宅基地使用证、建房审批文件等，以证明房屋的合法建造。
农业农村部门：
- 在一些地区，农业农村部门也参与宅基地的管理工作，特别是与农村土地承包、流转等相关的方面。虽然农业农村部门可能不直接负责宅基地上房屋的合法性认定，但在某些情况下，它们可能提供相关的政策指导或协助。
- 如果自然资源部门与农业农村部门在宅基地管理上有明确的职责划分，且农业农村部门负责相关认定工作，那么您也可以向农业农村部门提交申请。
二、申请认定的流程与材料
申请流程：
- 首先，您需要了解当地关于宅基地房屋合法性认定的具体政策和流程。这可以通过咨询当地自然资源部门或农业农村部门的工作人员来获取。
- 然后，按照要求准备相关证明材料，如宅基地使用证、建房审批文件、房屋照片等。
- 最后，向选定的部门提交申请，并等待审核结果。
所需材料：
- 宅基地使用证：证明您对宅基地的合法使用权。
- 建房审批文件：如果房屋是在建房审批后建造的，需要提供相关的审批文件。
- 房屋照片：用于直观展示房屋的现状和建造情况。
- 其他相关证明材料：如村委会或居委会的证明、邻居的证言等，用于辅助证明房屋的合法建造。
三、注意事项与可能遇到的困难
注意事项：
- 在申请认定前，确保您已经了解了当地的相关政策和流程，以免因不了解规定而耽误时间或造成不必要的麻烦。
- 准备材料时，要确保材料的真实性和完整性。虚假材料或缺失关键材料可能导致申请被驳回。
可能遇到的困难：
- 历史遗留问题：由于房屋建造时间较长，可能存在一些历史遗留问题，如宅基地使用证丢失、建房审批文件不全等。这时，您需要积极与相关部门沟通，寻求解决方案。
- 部门间职责划分不清：在某些地区，自然资源部门与农业农村部门在宅基地管理上的职责划分可能不够明确。这时，您需要向相关部门咨询并明确职责划分，以便选择正确的申请部门。
四、后续行动建议
- 如果申请被驳回或遇到其他问题，您可以向相关部门咨询具体原因，并根据建议进行补充材料或修改申请。
- 如果对认定结果有异议，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的权益。
在处理这类问题时，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。