历史遗留问题房屋的合法性认定，通常由当地的自然资源部门（原国土资源部门）或住房和城乡建设部门负责，具体可能因地区和房屋性质的不同而有所差异。以下是对这一问题的详细分析：

1. 部门职责划分：

   • 自然资源部门：主要负责土地管理和规划工作，包括土地使用权的确认、土地登记发证等。对于涉及土地使用权的房屋，其合法性认定往往与土地使用权的合法性紧密相连，因此自然资源部门在认定过程中起着关键作用。
   • 住房和城乡建设部门：负责房屋的建设、管理和监督工作，包括房屋的规划、设计、施工、验收等环节。对于房屋本身的合法性，如是否符合建筑规范、是否经过合法审批等，住房和城乡建设部门具有专业的认定能力。

2. 认定流程：

   • 申请与受理：房屋所有权人或相关权利人需要向当地自然资源部门或住房和城乡建设部门提出认定申请，并提交相关证明材料，如房屋产权证、土地使用证、建设规划许可证等。
   • 调查与核实：相关部门在收到申请后，会组织人员进行现场调查，核实房屋的实际情况与提交材料的一致性，包括房屋的位置、面积、结构、用途等。
   • 认定与决定：根据调查结果，相关部门会依据相关法律法规和政策规定，对房屋的合法性进行认定，并出具认定决定书。认定决定书会明确房屋是否合法，以及合法的依据或不合法的理由。

3. 特殊情况处理：

   • 历史遗留问题：对于历史遗留问题房屋，由于其形成背景复杂、时间跨度长，认定过程中可能需要考虑更多的因素，如当时的政策环境、社会背景等。相关部门在认定时，会结合实际情况，综合运用法律法规和政策规定，进行审慎判断。
   • 多部门协作：在某些情况下，房屋的合法性认定可能涉及多个部门，如自然资源部门、住房和城乡建设部门、城市管理部门等。这时，相关部门会加强协作，共同开展认定工作，确保认定结果的准确性和公正性。

4. 法律后果：

   • 合法房屋：如果房屋被认定为合法，房屋所有权人可以依法享有房屋的所有权和使用权，包括出租、出售、抵押等。
   • 不合法房屋：如果房屋被认定为不合法，房屋所有权人可能面临房屋被拆除、罚款等法律后果。同时，不合法房屋在交易、抵押等方面也会受到限制。

建议：如果您面临历史遗留问题房屋的合法性认定问题，建议您首先向当地自然资源部门或住房和城乡建设部门咨询相关政策和流程，了解具体的认定要求和所需材料。同时，您也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出更详细的法律建议。