您好，关于合法建筑的认定部门，这主要取决于建筑的具体性质和所在土地的类型。不过，从广义上来说，合法建筑的认定通常与土地管理和规划审批紧密相关，涉及多个部门的协同工作。但针对您可能更关心的“农村村民合法建房”或“自建房”的合法性认定问题，我可以结合相关法律法规和实务操作，为您详细解答如下：
一、农村村民合法建房的认定
对于农村村民合法建房，其合法性主要取决于是否取得了合法的宅基地审批手续以及是否符合当地的土地利用规划和村庄规划。
宅基地审批：
- 农村村民建房需要首先取得宅基地审批书，这一工作通常由农业农村部门指导乡镇政府负责核发。
- 宅基地审批过程中，会审核申请人是否符合宅基地分配条件、拟用地是否符合土地利用总体规划和村庄规划等。
规划审批：
- 除了宅基地审批外，农村村民建房还需要取得自然资源部门的用地和规划审批。
- 自然资源部门会审核建房的位置、面积、高度等是否符合规划要求，以及是否占用了耕地等需要特别保护的土地。
合法性认定：
- 如果农村村民建房同时取得了宅基地审批书和自然资源部门的用地规划审批，且按照审批要求进行建设，那么该建筑通常被认为是合法的。
- 合法性认定过程中，农业农村部门和自然资源部门会各自依据其职责进行审核和监管。
二、自建房（包括城市自建房）的合法性认定
对于自建房（包括城市自建房），其合法性认定主要依据的是用地和规划审批手续，以及施工许可等建设手续。
用地和规划审批：
- 自建房需要首先取得自然资源部门的用地和规划审批，确保用地合法且符合规划要求。
- 对于农村自建房，如果涉及宅基地，还需要取得农业农村部门指导乡镇政府核发的宅基地审批书。
施工许可等建设手续：
- 对于“限额以上”（工程投资额超过100万元且建筑面积超过500平方米）的自建房，需要依法办理施工图审查、施工许可、竣工验收备案等手续。
- 这些手续的办理通常涉及住房城乡建设部门，他们会对施工过程进行监管，确保建筑质量安全。
合法性认定：
- 如果自建房取得了所有必要的用地、规划和建设手续，且按照手续要求进行建设，那么该建筑通常被认为是合法的。
- 合法性认定过程中，自然资源部门、农业农村部门（如涉及宅基地）和住房城乡建设部门会各自依据其职责进行审核和监管。
三、特殊情况说明
- 农村村民非法占地建住宅的查处：根据最新法律法规和司法实践，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，已由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。但这并不改变合法建筑认定的基本原则，即合法建筑需要取得所有必要的审批手续。
- 历史遗留问题：对于一些历史遗留的建筑，其合法性认定可能更加复杂，需要综合考虑当时的法律法规、政策环境以及建筑的实际使用情况等因素。
四、总结与建议
- 总结：合法建筑的认定主要依据的是用地、规划和建设手续是否齐全且符合法律法规要求。对于农村村民建房和自建房，需要分别取得农业农村部门、自然资源部门和住房城乡建设部门的相关审批手续。
- 建议：如果您想确认某栋建筑是否合法，建议您先了解该建筑是否取得了所有必要的审批手续，并咨询当地的相关部门（如自然资源部门、农业农村部门或住房城乡建设部门）进行确认。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。