结论：针对您提出的“历史遗留宅基地已确权但房屋未确权，不确定宅基地上的房屋是否是合法建造”的问题，这主要取决于房屋建造时的相关手续是否完备以及是否符合当时的法律法规规定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法建造的认定标准
规划许可：
- 合法建造房屋通常需要获得当地规划部门的许可，即取得《建设工程规划许可证》或类似文件。这是判断房屋是否合法建造的重要依据。
土地使用：
- 房屋建造必须基于合法的土地使用权。在您的情况下，宅基地已经确权，说明土地使用权是合法的。但房屋建造还需确保在宅基地范围内，且未超出规定的建筑面积或高度等限制。
施工许可：
- 除了规划许可外，房屋建造还可能需要获得施工许可，特别是对于大型或复杂的建筑项目。施工许可确保了施工过程的合法性和安全性。
二、历史遗留问题的处理
法律法规的变迁：
- 由于房屋建造可能发生在多年以前，当时的法律法规可能与现在有所不同。因此，在判断房屋是否合法建造时，需要参考建造时的相关法律法规。
地方政策的影响：
- 不同地区对于宅基地和房屋建造的管理政策可能存在差异。一些地区可能对于历史遗留的宅基地房屋有特殊的处理政策或规定。
补办手续的可能性：
- 如果房屋建造时未办理相关手续，但符合当时的法律法规和地方政策，且现在仍然符合相关规定，那么有可能通过补办手续来确认房屋的合法性。
三、具体建议
查阅相关法律法规：
- 首先，建议您查阅建造房屋时的相关法律法规，特别是关于宅基地使用和房屋建造的规定，以了解房屋建造的合法性标准。
咨询当地规划部门：
- 其次，您可以咨询当地规划部门或相关政府部门，了解房屋建造时是否需要办理相关手续，以及现在是否可以补办这些手续。
寻求法律帮助：
- 如果您仍然无法确定房屋的合法性，或者面临拆迁、补偿等问题，建议您寻求专业的法律帮助。我可以根据您的具体情况，提供详细的法律分析和建议。
四、可能的法律后果
合法房屋：
- 如果房屋被认定为合法建造，那么您将享有相应的房屋所有权和使用权，并可能获得拆迁补偿等权益。
违法房屋：
- 如果房屋被认定为违法建造，那么您可能面临拆除、罚款等法律后果。同时，在拆迁等情况下，您可能无法获得相应的补偿。
总结与进一步行动建议：针对您的情况，我建议您首先查阅建造房屋时的相关法律法规和地方政策，了解房屋建造的合法性标准。然后，咨询当地规划部门或相关政府部门，了解房屋建造时是否需要办理相关手续以及现在是否可以补办。如果您仍然无法确定房屋的合法性或面临相关法律问题，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。