核心结论：因合作协议造成公司损失的赔偿问题，需根据具体情形确定责任主体及赔偿范围，通常包括违约赔偿、过错赔偿或连带赔偿三种路径。以下分情况说明：
1. 若合作方违反协议约定导致损失——按违约条款赔偿
若合作协议中明确约定了双方的权利义务（如合作内容、履行期限、质量标准等），且损失系因合作方未履行或未完全履行合同义务（如未按时供货、提供的产品不符合质量要求等）直接导致，则公司可依据《民法典》第五百七十七条要求合作方承担违约责任。
赔偿范围：包括直接损失（如因合作方违约导致的额外采购成本、返工费用等）和可得利益损失（如因合作方违约导致公司错失的订单利润），但需以“可预见性”为限（即合作方在签订合同时能预见到违约可能造成的损失类型及范围）。
关键证据：合作协议文本、违约行为证明（如沟通记录、检测报告等）、损失计算依据（如财务凭证、第三方评估报告等）。
2. 若合作方存在过错（如故意或重大过失）导致损失——按侵权责任赔偿
若合作方的行为超出合同约定范围（如泄露公司商业秘密、恶意破坏合作项目等），或虽未违约但因故意或重大过失（如操作不当导致设备损坏）造成公司损失，则公司可依据《民法典》第一千一百六十五条要求合作方承担侵权责任。
赔偿范围：与违约赔偿类似，包括直接损失和可得利益损失，但需证明合作方的过错与损失之间存在直接因果关系。
关键区别：若损失同时符合违约和侵权的构成要件（如合作方提供的产品存在质量问题导致公司客户索赔），公司可选择其中一种路径主张赔偿，但不得重复获赔。
3. 若合作方为共同经营或连带责任主体——按连带责任赔偿
若合作协议约定双方为共同经营关系（如合伙、联营），或合作方在协议中明确承诺对特定风险承担连带责任（如担保条款），则公司可要求合作方与其他责任主体（如其他合伙人、担保人）共同承担赔偿责任。
赔偿范围：以全部损失为限，公司可向任一连带责任人主张全额赔偿，再由责任人内部追偿。
关键条款：需审查合作协议中是否明确约定“共同经营”“连带责任”等表述，或是否存在法定连带情形（如合伙企业债务）。
行动建议
若涉及复杂合作模式（如股权合作、技术合作）或大额损失，建议进一步提供协议文本及损失细节，以便针对性分析。