核心结论：签订了无效合作协议后的赔偿问题，需根据无效原因、双方过错程度及实际损失情况综合判断，具体赔偿方式及范围需分情况讨论。以下为详细分析：

1. 协议无效的认定依据
   根据《民法典》第143条，合作协议无效的情形包括：

   • 行为人无民事行为能力（如未成年人签订大额协议）；
     
   • 协议内容违反法律、行政法规的强制性规定（如非法经营、走私合作）；
     
   • 协议违背公序良俗（如赌博合作）；
     
   • 双方恶意串通损害他人权益（如虚构合作骗取贷款）。
     若协议因上述原因被认定无效，双方需根据过错承担相应责任。

2. 赔偿责任的划分原则

   • 过错方赔偿：若一方故意隐瞒关键信息（如虚构资质、隐瞒债务）导致协议无效，需赔偿对方因此遭受的直接损失（如前期投入、预期收益损失）。
     
   • 双方过错分担：若双方均有过错（如明知合作内容违法仍签订），则按过错比例分担损失（如甲方承担60%、乙方承担40%）。
     
   • 无过错方免责：若一方完全无过错（如被欺诈签订协议），可要求对方全额赔偿损失，并返还已取得的财产（如已支付的款项）。

3. 赔偿范围的具体认定

   • 直接损失：包括为履行协议支出的合理费用（如场地租赁费、设备采购费）、已履行的部分义务对应的价款等。
     
   • 间接损失：需谨慎认定，通常仅在对方明知且协议有效时可能获得支持（如预期合作收益），但无效协议中一般难以主张。
     
   • 例外情形：若协议因违反强制性规定无效（如未获批的医疗合作），双方可能均需承担行政处罚，但民事赔偿仍按过错分配。

4. 实务操作建议

   • 固定证据：保存协议文本、沟通记录、付款凭证等，证明己方损失及对方过错；
     
   • 协商优先：尝试与对方协商赔偿方案，避免诉讼成本；
     
   • 诉讼路径：若协商无果，可向法院起诉，主张“返还财产+赔偿损失”，并申请财产保全防止对方转移资产。

温馨提示：合作协议无效的赔偿问题涉及复杂法律判断，建议根据具体案情准备证据材料后，直接向我咨询详细方案。