关于公司劳动合同协议是否要赔偿的问题，需依据协议具体条款、实际发生的情况及法律规定来确定。若协议中有明确赔偿约定或符合法定赔偿情形，劳动者有权要求赔偿。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动合同中的赔偿约定
协议内约定赔偿：
- 劳动合同中如明确约定了在某些特定情形下公司需支付赔偿或补偿（如提前解除劳动合同的违约金、违反保密协议的赔偿等），当这些约定情形出现时，劳动者可按照协议执行，获得相应赔偿。
赔偿约定的合法性：
- 需要注意的是，并非所有赔偿约定都合法有效。例如，根据《劳动合同法》的规定，除服务期和竞业限制约定外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，在签订劳动合同时，双方应确保赔偿约定符合法律法规的规定。
二、法定赔偿情形
经济补偿金：
- 根据《劳动合同法》的规定，在特定情况下（如用人单位提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除、用人单位因劳动者不能胜任工作等情形解除劳动合同等），用人单位需向劳动者支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常与劳动者的工作年限和月工资挂钩。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年）。
赔偿金：
- 在用人单位违反法律规定解除或终止劳动合同的情况下，劳动者有权要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的数额通常是经济补偿金的两倍。
- 计算公式：赔偿金 = 2 × 经济补偿金。
其他法定赔偿：
- 如因用人单位未提供劳动保护、未支付劳动报酬等违法行为导致劳动者受损的，劳动者还有权要求用人单位承担其他法定赔偿责任，如支付拖欠的工资、加班费、未休年休假工资等，以及因违法行为导致的其他损失（如医疗费、误工费等）。
三、劳动合同无赔偿金的情形
- 并非所有劳动合同解除或终止的情形都需要支付赔偿金。例如，在劳动者主动提出解除劳动合同、劳动者严重违反用人单位规章制度等情况下，用人单位通常无需支付赔偿金。
四、实际履行中的注意事项
保留证据：
- 在劳动合同履行过程中，劳动者应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资单、工作记录等相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
及时咨询：
- 如对劳动合同中的赔偿条款或实际履行中的赔偿问题有疑问，劳动者应及时向专业律师咨询，以确保自己的权益得到妥善保护。
总结来说，公司劳动合同协议是否要赔偿，需根据协议具体条款、实际发生的情况及法律规定来判断。在签订劳动合同时，双方应明确约定赔偿条款，并确保其合法有效。在实际履行中，双方应遵守协议约定和法律法规的规定，诚信履约。如有任何疑问或纠纷，劳动者可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。