核心结论：子公司将租赁的厂房出借给母公司使用，在结算和签合同方面，需重点关注法律关系梳理、合同签订要点及税务合规处理，具体如下：

一、法律关系梳理与合同签订主体

1. 租赁关系与借用关系的区分
   子公司与厂房所有权人（出租方）之间是租赁合同关系，子公司作为承租人享有使用权；子公司将厂房出借给母公司使用，则形成借用合同关系（或无偿使用协议）。

   • 若母公司支付费用，则可能转化为转租关系（需出租方同意）或有偿借用关系，需明确费用性质（租金、管理费等）。
     
   • 若为无偿借用，仍建议签订书面协议，避免未来因权责不清产生纠纷。

2. 合同签订主体

   • 租赁合同：子公司与出租方签订，明确租赁期限、租金、维修责任等条款。
     
   • 借用/转租合同：子公司与母公司签订，需注意：
     
     • 若为转租，必须取得出租方书面同意（否则可能构成违约）；
       
     • 若为无偿借用，需明确使用期限、用途、维修责任及损害赔偿等条款。

二、结算方式与费用处理

1. 无偿借用情形

   • 子公司无需向母公司收取费用，但需在合同中明确“无偿使用”及双方权利义务（如母公司承担日常维护费用）。
     
   • 税务风险：无偿借用可能被税务机关认定为“视同销售”，需按市场租金缴纳增值税及企业所得税（具体以税务机关认定为准），建议提前咨询税务机关或专业税务律师。

2. 有偿使用情形

   • 转租模式：子公司按市场价向母公司收取租金，需确保租金不超过子公司向出租方支付的租金（否则可能被认定为“牟利”），并依法开具发票。
     
   • 管理费模式：子公司收取管理费（如覆盖物业费、水电费等），需明确费用构成及支付方式，避免被认定为“变相转租”。
     
   • 税务合规：子公司需按租金收入缴纳增值税、企业所得税，母公司可凭发票进行税前扣除。

三、合同关键条款设计

1. 借用/转租合同必备条款

   • 双方主体信息、厂房地址、面积、用途；
     
   • 使用期限（不得超过子公司与出租方的租赁期限）；
     
   • 费用及支付方式（无偿/有偿、金额、支付时间）；
     
   • 维修责任划分（如母公司造成损坏需赔偿）；
     
   • 合同解除条件（如母公司擅自转租、逾期支付费用等）；
     
   • 争议解决方式（诉讼/仲裁）。

2. 风险提示条款

   • 明确母公司使用厂房需符合法律法规及出租方要求（如不得用于危险品生产）；
     
   • 若因母公司原因导致子公司被出租方追责，母公司需承担全部赔偿责任。

四、操作建议

1. 优先取得出租方同意：若涉及转租，务必书面确认出租方同意，避免合同无效风险。
   
2. 完善内部审批流程：子公司作为独立法人，需按公司章程履行内部决策程序（如董事会决议）。
   
3. 留存证据：保存合同、付款记录、沟通记录等，以备纠纷时举证。
   

总结：子公司出借厂房给母公司，需根据是否收取费用选择合同类型（无偿借用/转租），明确权责划分及税务处理，并签订书面合同以规避风险。如有具体条款设计或税务问题，可进一步向我咨询。