单位迟到一次扣50元是否合法，需视具体情况而定。

1. 合法情况：若用人单位的规章制度中明确规定了迟到一次扣50元，且该规章制度满足以下条件，则扣罚行为通常是合法的：
   • 经过民主程序制定；
   • 已向劳动者公示或告知劳动者；
   • 扣罚金额未超过劳动者月工资的20%或扣除后的剩余工资部分不低于当地月最低工资标准。

在这种情况下，用人单位依据规章制度扣除相应金额是合理的，劳动者应当遵守。

1. 不合法情况：若用人单位的规章制度存在以下问题，则扣罚行为可能不合法：
   • 规章制度未经民主程序制定或未公示；
   • 扣除金额过高，明显不合理地损害了劳动者权益；
   • 规章制度内容违反法律法规的强制性规定。

例如，若劳动者迟到几分钟，公司就扣除50元，而当地最低工资标准下劳动者正常出勤一天的工资远低于50元，这种情况下扣除50元就可能被认定为不合理。

法律建议：

• 劳动者若对单位的扣罚行为有异议，首先应与单位进行沟通协商，要求其说明扣钱依据及规章制度的合法性。
• 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

总结：单位迟到一次扣50元是否合法，关键在于用人单位的规章制度是否合法、合理，并且是否得到了劳动者的认可。劳动者在面对此类问题时，应了解自己的权益，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。