结论前置：员工申请劳动仲裁，公司一般不可以因此不准假，但具体是否准假需结合请假事由、公司规章制度及劳动法规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、请假事由与劳动仲裁的关联性
若请假事由为参加劳动仲裁相关活动：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动者有权依法维护自身合法权益，包括申请劳动仲裁。若员工因参加劳动仲裁的庭审、调解等活动需要请假，这属于合理且必要的请假事由。
- 公司应当尊重员工的这一权利，不得无故拒绝准假。若公司因此拒绝准假，可能构成对员工合法权益的侵害，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求其他法律救济。
若请假事由与劳动仲裁无直接关联：
- 若员工请假事由为个人事务、病假、年假等，与劳动仲裁无直接关联，则公司是否准假需根据公司规章制度及劳动法规定来判断。
- 例如，若员工申请病假，公司需根据员工提供的医疗证明及公司病假制度来决定是否准假；若员工申请年假，公司则需根据《职工带薪年休假条例》及公司年假制度来安排。
二、公司规章制度与劳动法规定的冲突
公司规章制度合法性：
- 公司的规章制度应当符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。若公司规章制度中存在与劳动法相抵触的内容，如无故拒绝员工合理请假等，则该规章制度无效。
- 员工有权拒绝执行违法的规章制度，并有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
劳动法对请假权的规定：
- 劳动法并未直接规定员工在申请劳动仲裁时享有特殊请假权，但明确了员工享有休息休假、病假等合法权益。
- 若员工因申请劳动仲裁而需要请假，且该请假事由合理且必要，公司应当予以准假，否则可能构成对员工合法权益的侵害。
三、公司拒绝准假的法律后果
行政责任：
- 若公司无故拒绝员工合理请假，可能面临劳动监察部门的处罚，如责令改正、罚款等。
民事责任：
- 若公司拒绝准假导致员工无法参加劳动仲裁相关活动，进而造成员工权益受损（如错过仲裁时效、无法充分举证等），员工有权要求公司承担相应的民事赔偿责任。
四、建议与注意事项
员工方面：
- 在申请劳动仲裁前，建议员工先与公司沟通协商，尽量通过友好方式解决争议。
- 若需请假参加劳动仲裁相关活动，应提前向公司提交书面请假申请，并说明请假事由及时间。
- 保留好相关证据材料（如请假申请、公司拒绝准假的回复、参加仲裁活动的证明等），以备不时之需。
公司方面：
- 公司应建立健全的请假制度，明确请假流程、审批权限及责任等。
- 在处理员工请假申请时，应遵循公平、公正、合理的原则，不得无故拒绝员工合理请假。
- 若员工请假事由与劳动仲裁相关，公司应予以特别关注并妥善处理，避免引发不必要的法律纠纷。
总结：员工申请劳动仲裁时，若请假事由合理且必要（如参加仲裁庭审、调解等活动），公司一般应当准假。若公司无故拒绝准假，可能面临行政及民事责任。如有具体法律问题或需要进一步帮助，请直接向我咨询。