休息日加班时旷工，用人单位可依据规章制度处理，但需确保制度合法且程序合规，同时应支付已加班部分的工资。具体分析如下：
- 用人单位的处理权限与依据
根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位有权制定规章制度规范员工行为，但需满足三个条件：
- 内容合法：不得违反法律强制性规定（如罚款金额超过工资20%、剥夺劳动者基本权利等）；
- 程序民主：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定；
- 公示告知：需通过培训、签字确认、公示等方式确保员工知晓。
若规章制度合法有效，用人单位可依据其中关于旷工的条款（如扣发当日工资、警告、解除劳动合同等）对员工进行处理。
已加班部分的工资支付义务
即使员工旷工，用人单位仍需支付其已实际加班部分的工资。根据《劳动法》第四十四条，休息日加班且未安排补休的，应支付不低于工资200%的工资报酬。若用人单位以旷工为由拒付加班工资，可能构成拖欠工资，员工可据此主张权益。
解除劳动合同的合法性审查
若用人单位以旷工为由解除劳动合同，需满足：
- 旷工事实成立：需有考勤记录、员工确认等证据；
- 制度依据充分：规章制度中明确规定“旷工X日可解除合同”；
- 程序合法：需事先通知工会（如有），并告知员工解除理由及依据。
若用人单位无法满足上述条件，可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N，N为工作年限）。
建议：
- 对用人单位：完善规章制度，确保合法合规；处理旷工时留存证据（如考勤记录、员工签字确认的违纪通知）；支付已加班工资，避免纠纷。
- 对员工：若认为处理不当，可先与用人单位协商；协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张加班工资及违法解除赔偿金。
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