两个单位合并后，新的单位原则上应当承认原单位作出的合法有效的决定，但具体是否承认还需根据决定的性质、内容以及合并的具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则层面
从法律原则的角度来看，单位合并通常涉及权利义务的承继问题。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，单位合并后，原单位的权利和义务由合并后的单位承继。这意味着，原单位作出的合法有效的决定，在合并后原则上应当继续有效，新的单位应当予以承认和执行。这是为了保护交易安全、维护市场秩序以及保障各方当事人的合法权益。
二、决定性质与内容层面
然而，是否承认原单位的决定，还需具体分析决定的性质和内容。例如：
- 劳动合同与用工关系：如果原单位与员工签订的劳动合同在合并时仍在有效期内，且合并后的单位继续履行该合同，那么原单位关于员工薪酬、岗位、工作时间等决定，新的单位应当予以承认。但如果合并后的单位对劳动合同进行了变更或重新签订，那么原单位的决定可能不再适用。
- 业务合同与交易关系：对于原单位与第三方签订的业务合同，如果合并后的单位继续履行该合同，那么原单位关于合同履行、违约责任等决定，新的单位也应当予以承认。但如果合并后的单位对合同进行了修改或终止，那么原单位的决定可能不再具有约束力。
- 内部管理决定：对于原单位作出的内部管理决定，如规章制度、奖惩措施等，如果合并后的单位继续沿用这些规定，那么原单位的决定也应当被承认。但如果合并后的单位制定了新的规章制度或奖惩措施，那么原单位的决定可能不再适用。
三、合并具体情况层面
此外，是否承认原单位的决定还取决于合并的具体情况。例如：
- 合并方式：如果是吸收合并，即一个单位吸收其他单位后存续，那么被吸收单位的决定在吸收单位承认的范围内继续有效。如果是新设合并，即两个或两个以上的单位合并设立一个新的单位，那么原单位的决定可能需要根据新单位的实际情况进行重新评估和确认。
- 合并协议：合并协议中可能对原单位决定的承认问题作出具体约定。如果合并协议中有明确规定，那么新的单位应当按照协议约定执行。
- 员工与第三方意见：在合并过程中，员工和第三方的意见也可能影响原单位决定的承认问题。如果员工或第三方对原单位的决定提出异议，新的单位可能需要与他们进行协商并达成一致意见后才能决定是否承认。
建议：在实际操作中，如果涉及单位合并且需要确认原单位决定的承认问题，建议先查阅合并协议、相关法律法规以及原单位的规章制度等文件，了解具体情况后再作出判断。如果仍有疑问或遇到复杂情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。