双方签订股权转让合同后改为借款，这一行为在法律上并非绝对不合法，但其合法性取决于多种因素，包括双方的真实意思表示、合同变更的程序以及是否违反法律法规的强制性规定等。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同变更的合法性基础
意思自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权按照自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。因此，如果双方在签订股权转让合同后，经过协商一致，同意将合同性质变更为借款合同，且这一变更不违反法律法规的强制性规定，那么这种变更是合法的。
合同变更的程序：合同变更应当遵循一定的程序，包括双方达成变更协议、对变更内容进行明确约定等。如果双方能够就变更事项达成一致，并签订书面变更协议，那么这种变更在程序上就是合法的。
二、可能存在的法律风险
虚假意思表示：如果双方签订股权转让合同后，实际上并没有真正的股权转让意图，而是以股权转让为名，行借款之实，那么这种行为可能构成虚假意思表示。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。因此，如果双方存在虚假意思表示，那么变更后的借款合同可能被认定为无效。
违反法律法规的强制性规定：如果股权转让合同或变更后的借款合同违反了法律法规的强制性规定，如涉及非法集资、洗钱等违法行为，那么这种变更就是不合法的，且可能面临法律制裁。
税务和财务问题：股权转让和借款在税务和财务处理上存在显著差异。如果双方将股权转让合同变更为借款合同，可能需要重新考虑税务和财务处理方式，以避免潜在的税务风险和财务纠纷。
三、法律建议
明确变更意图：在变更合同性质前，双方应当明确变更的意图和目的，确保变更行为符合双方的真实意思表示。
签订书面变更协议：为了保障双方的权益，建议双方签订书面变更协议，对变更事项进行明确约定，包括变更后的合同性质、权利义务关系、违约责任等。
咨询专业律师：由于合同变更涉及复杂的法律问题，建议双方在变更前咨询专业律师，以确保变更行为的合法性和有效性。
考虑税务和财务影响：在变更合同性质时，双方应当考虑税务和财务影响，必要时可以寻求专业税务和财务顾问的帮助。