合作协议中签的投资款，转款时写为借款，在符合一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律关系的转变与合法性
法律关系的本质：
- 投资与借款是两种不同的法律关系。投资通常意味着投资者成为公司或项目的股东或合伙人，共享利益、共担风险；而借款则是债权人向债务人提供资金，债务人按约定还本付息。
- 当合作协议中的投资款在转款时被写为借款，实际上是在双方协商一致的基础上，对原有的法律关系进行了变更。这种变更如果出于双方真实意愿，且不违反法律法规的强制性规定，是合法的。
合法性的条件：
- 双方协商一致：投资款转为借款必须基于双方当事人的自愿和协商一致。任何一方不得强迫另一方接受这种变更。
- 不违反法律法规：变更后的法律关系（即借款关系）必须符合相关法律法规的规定，如利率不得超过法定上限，借款用途必须合法等。
- 不损害第三方利益：如果投资款的变更可能损害到其他股东、合伙人或债权人的利益，那么这种变更可能是不合法的。
二、实际操作中的注意事项
明确变更内容：
- 在将投资款转为借款时，双方应明确变更的具体内容，包括借款金额、利率、还款期限、违约责任等。这些内容应详细写入借款合同中，以避免未来可能出现的纠纷。
办理相关手续：
- 如果投资款原本是投向公司或项目的，且投资者原本是股东或合伙人，那么在将投资款转为借款时，可能需要办理相关的股权变更或退出手续。这些手续应依法进行，以确保变更的合法性和有效性。
保留证据：
- 双方应保留好与投资款转为借款相关的所有证据，包括合作协议、借款合同、转款凭证、协商记录等。这些证据在未来可能出现的纠纷中将成为重要的证明材料。
三、法律后果与风险提示
法律后果：
- 如果投资款转为借款的行为符合上述合法性条件，且双方按照借款合同的约定履行了各自的义务，那么这种变更将是有效的，且不会产生不良的法律后果。
- 如果变更行为存在违法或违规情况，或者双方未按照借款合同的约定履行义务，那么可能面临法律纠纷和赔偿责任。
风险提示：
- 在进行投资款转为借款的操作时，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，避免因不了解法律而导致的违法风险。
- 双方应谨慎评估变更后的法律关系和风险，确保变更行为符合自身的利益和风险承受能力。
举例说明：假设A和B合作投资一个项目，A投入了100万元作为投资款。后来，由于项目进展不顺，A和B协商将A的投资款转为借款，并签订了借款合同，约定了借款金额、利率、还款期限等。如果这种变更行为是基于双方自愿和协商一致，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种变更是合法的。未来，如果B未按照借款合同的约定履行还款义务，A有权依据借款合同向B追讨借款本金和利息。
建议：如果您正在考虑将合作协议中的投资款转为借款，建议您先咨询专业律师，了解相关法律法规和政策规定，确保变更行为的合法性和有效性。同时，在变更过程中应保留好相关证据，以备未来可能出现的纠纷之需。如果您有任何法律问题，可以直接向我咨询。