工程款转借款协议在符合法律法规规定的条件下是合法的。以下是对此问题的详细法律解析：
一、法律效力确认的前提
意思表示真实有效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。因此，工程款转为借款的行为必须是双方自愿、真实的意思表示，无欺诈、胁迫等情形。
合同自由原则与变更：
- 《民法典》第四百六十四条确认了合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。这表明民事主体可自由设立、变更、终止民事法律关系。同时，《民法典》第五百四十三条规定，当事人协商一致，可以变更合同，包括将工程款转化为借款。
债权债务的合法转移：
- 依照《民法典》第五百五十一条，债务人将债务的全部或者部分转移给第三人的，应当经债权人同意。在此情境下，原工程款的债务人（如承包人）与债权人（如发包人）若协商一致，将工程款转为借款，并明确相关要素，则该转化合法有效。
二、借款合同的形式与内容要求
书面形式：
- 根据《民法典》第六百六十八条，除自然人之间另有约定外，借款合同应当采用书面形式。因此，工程款转为借款时，应签订书面借款合同，明确借款金额、期限、利率等关键条款。
债权凭证的必要性：
- 参考《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二条，出借人向人民法院提起民间借贷诉讼时，应当提供借据、收据、欠条等债权凭证以及其他能够证明借贷法律关系存在的证据。因此，在工程款转化为借款后，双方应形成如借条等符合要求的债权凭证，并有转账记录、聊天记录等证据支持。
三、实际操作建议
在实际操作中，为确保工程款转为借款行为的合法性和有效性，建议双方当事人：
充分沟通并协商一致：
- 确保意思表示真实无误，无欺诈、胁迫等情形。双方应就借款金额、期限、利率等关键条款进行充分协商，并达成一致意见。
签订书面的借款合同或补充协议：
- 明确转化后的借款金额、还款期限、利息等关键条款。合同内容应合法、明确，避免模糊不清或存在歧义。
保留好相关的转账记录、聊天记录等证据材料：
- 以备不时之需。这些证据材料在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
注意利率的合法性：
- 确保借款利率符合法律法规的规定，不违反国家有关限制借款利率的规定。过高的利率可能被视为高利贷，不受法律保护。
四、可能存在的法律风险及防范
法律风险：
- 如果工程款转借款协议未满足上述法律效力确认的前提或借款合同的形式与内容要求，该协议可能被视为无效或部分无效。此外，如果双方在协议履行过程中发生纠纷，可能面临诉讼或仲裁等法律程序。
防范措施：
- 为防范法律风险，双方在签订工程款转借款协议前，应充分了解相关法律法规的规定，并咨询专业律师的意见。在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，并保留好相关证据材料。
总结来说，工程款转借款协议在符合法律法规规定的条件下是合法的。双方在签订协议前应充分了解相关法律法规的规定，并确保协议内容合法、明确。在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，并保留好相关证据材料以防范法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。