合同专用章和单位公章原则上不建议交由同一个人管理，但在特定条件下可以由同一人管理，不过需严格遵循相关制度并承担相应责任。以下从不同角度进行分析：

1. 从风险防控角度：合同专用章和单位公章具有不同的法律效力。公章是单位处理对外事务的象征，代表单位的最终意志，使用范围广泛，包括签订合同、出具证明、发布公文等；合同专用章则专门用于签订合同，其使用范围相对较窄但针对性强。若将两章交由同一人管理，一旦该人员出现违规操作，如未经授权擅自使用公章或合同专用章签订不利的合同、出具虚假的证明文件等，单位将面临巨大的法律风险和经济损失，且难以追溯责任到具体环节，不利于风险防控。
2. 从内部管理规范角度：为了加强单位印章管理，确保印章使用的安全性、规范性和严肃性，许多单位会制定专门的印章管理制度。这些制度通常会明确规定公章和合同专用章的保管人员应相互独立，实行双人保管、相互监督的机制。这样可以在一定程度上防止印章被滥用或盗用，保障单位的合法权益。因此，从内部管理规范的角度来看，不建议将两章交由同一人管理。
3. 从特定条件下的可行性角度：虽然原则上不建议将合同专用章和单位公章交由同一人管理，但在某些特定条件下，如单位规模较小、人员有限，且该人员具备高度的责任心和职业道德，同时单位能够建立完善的印章使用审批和登记制度，确保每一次印章使用都经过严格审批并留下详细记录，那么在这种情况下，由同一人管理两章也是可行的。但单位必须承担由此可能带来的风险，并采取相应的措施进行防范。