针对员工长期出差后提出离职的情况，结合劳动法相关规定及实务操作，核心结论及处理建议如下：

1. 员工离职的法定权利
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日（试用期3日）书面通知用人单位即可解除劳动合同，无需以用人单位同意为前提。即使员工长期出差，其离职权仍受法律保护，用人单位不得以“未完成出差任务”“未交接工作”等理由拒绝办理离职手续或克扣工资。

2. 长期出差对离职的特殊影响及处理

   • 出差补贴与费用结算：若劳动合同或规章制度约定出差补贴、差旅费报销等福利，员工离职时用人单位需一次性结清。若因出差导致员工垫付费用未报销，员工可主张用人单位支付，否则可能构成拖欠劳动报酬。
     
   • 工作交接义务：员工需按《劳动合同法》第五十条履行工作交接义务，包括归还公司财物、移交工作资料等。若因长期出差导致交接困难，双方可协商延长交接期或通过远程方式完成，但用人单位不得以此为由拖延办理离职手续。
     
   • 竞业限制与保密义务：若员工签署竞业限制协议或涉及商业秘密，离职后仍需遵守相关约定。长期出差可能涉及接触核心业务，用人单位需在离职时明确告知员工义务范围及补偿标准，避免后续纠纷。

3. 用人单位的合规操作建议

   • 及时办理离职手续：收到离职通知后，用人单位应在30日内为员工出具解除劳动合同证明，并办理档案、社保转移手续。逾期未办理的，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 结算工资与经济补偿：若员工因用人单位过错（如未足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保等）提出离职，用人单位需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。若员工主动离职且无过错，则无需支付补偿。
     
   • 留存书面证据：要求员工提交书面离职申请，并签字确认交接完成情况，避免口头沟通导致的举证困难。

4. 潜在风险防范

   • 避免“变相调岗”争议：若长期出差被认定为“工作地点变更”，用人单位需与员工协商一致并签订书面协议，否则员工可能以“未提供劳动条件”为由被迫离职并主张补偿。
     
   • 防范“未签劳动合同”风险：若员工长期出差导致劳动合同未及时续签，用人单位需自用工满1个月起支付双倍工资（最长11个月），并尽快补签合同。

总结：员工长期出差不影响其法定离职权，用人单位需依法办理离职手续、结算费用，并防范潜在法律风险。若涉及复杂情形（如竞业限制、工伤赔偿等），建议进一步提供具体细节以便针对性分析。