员工出差超期的情况需要依据公司的具体规章制度、劳动合同以及实际情况来妥善处理。以下是一些建议来处理员工出差超期的问题：

一、明确出差超期的原因

首先，需要与出差员工进行沟通，明确超期的原因。是由于工作任务未完成、交通延误、个人原因还是其他不可抗力因素导致的。了解具体原因有助于后续的处理决策。

二、参考公司规章制度

查阅公司的相关规章制度，看是否有关于出差超期的具体规定。这些规定可能包括超期后的报告流程、审批程序、费用处理以及可能的纪律处分等。如果有明确规定，按照制度执行即可。

三、与主管领导沟通

根据出差报告制度，出差人员应定期向主管领导报告行程和工作进展。在出现超期情况时，更应及时与主管领导沟通，说明超期原因和预计的返回时间。这有助于保持信息的透明度，并获取领导的理解和支持。

四、评估工作进展和必要性

评估员工出差期间的工作进展和继续出差的必要性。如果工作任务已经完成或不再需要继续出差，应及时安排员工返回。如果仍需继续出差，应明确后续的工作计划和预期目标。

五、处理费用问题

对于出差超期产生的额外费用，如住宿费、交通费等，需要根据公司规定和实际情况进行处理。如果公司承担了这些费用，需要与财务部门沟通并确保费用的合理性和合规性。

六、考虑员工个人情况

在处理出差超期问题时，也应考虑员工的个人情况，如家庭状况、健康状况等。如果员工因个人原因需要紧急返回或需要特殊照顾，公司应给予理解和支持。

七、纪律处分与激励措施

如果员工出差超期是由于个人原因且违反了公司规定，公司可以根据情节轻重给予相应的纪律处分。同时，对于表现优秀的员工，如提前完成任务、节约费用等，公司也可以给予相应的激励措施。

八、总结与改进

处理完出差超期问题后，公司应对此次事件进行总结和分析，找出问题所在并提出改进措施。这有助于完善公司的出差管理制度，提高员工的出差效率和满意度。

总之，处理员工出差超期问题需要综合考虑多个方面，包括公司规章制度、员工个人情况、工作进展和必要性等。通过明确原因、与主管领导沟通、评估工作进展、处理费用问题以及考虑员工个人情况等措施，可以妥善处理出差超期问题并确保公司的正常运营。