结论：在公司经营不善的情况下，您可以选择辞职，但需根据具体情况和法律规定来操作，以确保自身权益不受损害。以下是从不同角度的详细分析：
一、辞职的合法性
员工自主辞职权：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有自主辞职的权利。无论公司经营状况如何，员工都有权根据自己的意愿提出辞职。
辞职程序：
- 若您决定辞职，建议提前三十日以书面形式通知公司（试用期员工提前三日通知），以便公司有足够的时间进行人员调整和工作交接。这是法律规定的辞职程序，有助于维护双方权益。
二、辞职后的权益保障
经济补偿：
- 在公司经营不善的情况下，若公司提出解除劳动合同（非员工主动辞职），且符合《劳动合同法》第四十一条规定的经济性裁员条件，公司需向您支付经济补偿。但如果您是主动辞职，则通常无法获得经济补偿，除非公司存在未依法支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等违法行为，您以此为由提出辞职并要求经济补偿。
工资结算：
- 无论您是主动辞职还是被动离职，公司都应结清您的工资、奖金、津贴等劳动报酬，并为您办理离职手续，包括出具离职证明、转移社保关系等。
三、特殊情况下的保护
特定员工保护：
- 如果您属于从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查、疑似职业病病人在诊断或医学观察期间、在本单位患职业病或因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力、患病或非因工负伤在规定的医疗期内、女职工在孕期产期哺乳期、在本单位连续工作满十五年且距法定退休年龄不足五年等特定员工群体，公司不得以经营不善为由随意辞退您。若公司违法辞退，您有权要求继续履行劳动合同或获得赔偿金。
劳动合同无效或部分无效：
- 如果您的劳动合同存在以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危订立或变更、用人单位免除自己的法定责任排除劳动者权利、违反法律行政法规强制性规定等情形，导致劳动合同无效或部分无效，您有权要求公司承担相应的法律责任，并在辞职时维护自己的合法权益。
四、建议与注意事项
了解公司状况：
- 在决定辞职前，建议您先了解公司的经营状况和财务状况，以便更好地评估辞职的利弊和风险。
保留证据：
- 无论您是主动辞职还是被动离职，都建议您保留好与公司的劳动合同、工资单、工作记录等相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
咨询专业意见：
- 如果您对辞职后的权益保障存在疑问或担忧，建议您咨询专业律师或劳动仲裁机构的意见，以便更好地了解自己的权益和维权途径。
总结：在公司经营不善的情况下，您可以选择辞职，但需根据具体情况和法律规定来操作。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。