违建房屋租赁合同纠纷中申请保全可以是有效的，但需分情况讨论，具体如下：

1. 保全的合法性基础
   根据《民事诉讼法》第103条，保全需以“情况紧急、不立即采取措施将使合法权益难以弥补”为前提。若违建房屋虽本身违法，但租赁合同纠纷中涉及租金、押金、违约金等财产性权益，且存在转移财产风险（如承租人恶意搬离设备、出租人转移租金收入），则可依法申请财产保全。但需注意：保全标的应为合法财产（如租金账户、押金、承租人设备等），而非违建房屋本身。

2. 违建房屋作为保全标的的特殊性
   若申请保全违建房屋本身（如要求法院查封房屋），因房屋违反《城乡规划法》等强制性规定，可能被认定为“违法标的”，法院通常不予保全。但若纠纷核心是因违建导致的合同无效后财产返还（如返还已支付的租金、装修费用），则可针对合法财产（如出租人其他账户资金）申请保全。

3. 实务操作建议

   • 明确保全对象：优先申请保全出租人或承租人的合法财产（如银行账户、车辆、设备等），避免直接以违建房屋为标的。
     
   • 提供担保：根据《民事诉讼法》第100条，申请人需提供与保全金额相当的担保（如保险公司保函、现金等），法院才会裁定保全。
     
   • 证据充分性：需证明“情况紧急”，例如提供出租人转移财产的线索（如近期大额转账记录）、承租人搬离设备的监控等。
     

总结：违建房屋租赁纠纷中，保全合法财产（如租金、押金、设备）是有效的，但直接保全违建房屋本身可能被法院驳回。建议根据纠纷具体内容，针对性选择保全标的，并提前准备充分证据。若需进一步分析，可直接向我咨询具体案情。