结论：患者在医院自然死亡，医生不上报是否违法需分情况讨论，一般情况下，自然死亡且无异常情形时，医生不上报不属于违法行为；但若存在应当上报的法定情形而未上报，则可能构成违法。
详细分析：
自然死亡且无异常情形：
- 在大多数情况下，如果患者是在医院因自然原因（如疾病终末期、年老体衰等）死亡，且死亡过程中没有出现异常或可疑情况，医生通常不需要向相关部门进行特别的“上报”。这是因为自然死亡是生命过程的正常终结，不属于需要特别报告的事件。
- 然而，医院内部通常会有死亡记录、病历归档等流程，这是医院管理的一部分，用于记录患者的死亡信息、死亡原因等，以便后续的医疗统计、质量控制和家属查询等。但这些内部流程并不等同于法律意义上的“上报”。
存在应当上报的法定情形：
- 如果患者的死亡存在异常或可疑情况，如医疗事故、医疗纠纷、传染病等，医生则有义务按照相关法律法规的规定向相关部门进行报告。例如，根据《医疗事故处理条例》等相关规定，发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。
- 在这种情况下，如果医生未按规定上报，则可能构成违法，需要承担相应的法律责任。这包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
法律建议：
- 对于家属而言，如果认为患者的死亡存在异常或可疑情况，且医生未按规定上报，可以向医院或卫生行政部门提出质疑，并要求进行调查和处理。
- 对于医生而言，应当严格遵守相关法律法规和医院内部规定，对于需要上报的事件及时、准确地进行报告，以避免不必要的法律风险。
可能后果：
- 如果医生未按规定上报应当上报的事件，可能会面临卫生行政部门的行政处罚，如警告、罚款等。
- 在极端情况下，如果医生的未上报行为导致了严重的后果（如延误了传染病的防控、掩盖了医疗事故等），还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
总结：患者在医院自然死亡时，医生是否需要上报取决于死亡的具体情形。在一般情况下，自然死亡且无异常情形时，医生不上报不属于违法行为；但若存在应当上报的法定情形而未上报，则可能构成违法。因此，医生在处理患者死亡事件时，应当根据具体情况判断是否需要上报，并严格遵守相关法律法规和医院内部规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。