针对违规经商违纪所得分红款已退还企业后的处置问题，核心在于明确款项退还后的企业后续处理措施及合规要求。以下从不同角度进行分析：

1. 企业内部处理流程
   企业收到退还的分红款后，首先需进行财务入账处理，确保资金纳入合规账户并留存转账凭证。若涉及税务问题（如分红款曾代扣代缴个人所得税），需向税务机关申报调整，避免税务风险。同时，企业应修订或完善内部规章制度，明确禁止违规经商行为，并通过培训、公示等方式强化员工合规意识。

2. 纪律处分与责任追究
   根据《中国共产党纪律处分条例》或企业内部纪律规定，若分红款涉及党员干部违规经商，除退还款项外，还需对责任人给予党纪处分（如警告、严重警告等）；若涉及非党员干部，企业可依据劳动合同或规章制度给予警告、扣发奖金、解除劳动合同等处理。处分决定需书面记录并存档，必要时向监管部门报备。

3. 监管部门后续要求
   若企业为国有企业或上市公司，退还分红款后可能需向国资委、证监会等监管部门提交专项报告，说明违规事实、整改措施及责任追究情况。监管部门可能要求企业限期整改、加强内控，甚至对相关责任人实施市场禁入等措施。企业需密切配合调查，避免因隐瞒或拖延导致处罚升级。

4. 法律风险防范
   企业应委托律师对退还款项的来源、性质进行法律审查，确保无其他潜在纠纷（如股东纠纷、债权债务纠纷）。若分红款涉及非法所得（如贪污、受贿），企业需主动向公安机关报案，避免被认定为“掩饰、隐瞒犯罪所得”。同时，企业可建立合规审查机制，对重大经营决策进行法律风险评估，从源头预防违规行为。

建议：企业完成款项退还后，应立即启动内部自查程序，梳理违规经商的全链条风险点，并制定整改方案。若涉及复杂法律问题（如跨境经营、多层股权结构），可进一步向我咨询具体合规策略。