针对您提出的“违规经商办企业拒不上缴违纪所得如何处理”的问题，这主要涉及到行政处罚、刑事责任追究以及可能的民事赔偿等多个方面，以下我将为您详细阐述：
一、行政处罚
处罚依据与机关：
- 依据：《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，均对违规经商办企业及其违纪所得的处理有明确规定。
- 机关：主要由市场监督管理部门（如工商局）、税务部门等具有行政执法权的行政机关负责实施。这些机关在发现违规行为后，有权进行调查并作出相应的行政处罚。
针对拒不上缴违纪所得的处罚：
- 若企业或个人在违规经商办企业过程中获得违纪所得，并拒不上缴，行政机关将依法追缴这些所得。
- 同时，根据违规行为的性质和情节，行政机关还可能对企业或个人处以罚款、吊销营业执照等行政处罚。例如，若涉及偷税漏税，税务机关将追缴税款、滞纳金，并处不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
处罚程序：
- 立案调查：行政机关发现违规行为后，将进行初步审查并决定是否立案。
- 听证告知：在作出重大行政处罚决定前，会告知当事人有要求举行听证的权利，以确保处罚的公正性和透明度。
- 作出决定：根据调查结果，行政机关将依法作出行政处罚决定，并明确要求当事人上缴违纪所得。
- 执行与救济：当事人应在规定期限内履行处罚决定，包括上缴违纪所得。若不服处罚决定，可申请行政复议或提起行政诉讼。
二、刑事责任追究
适用情形：
- 当企业的违规行为构成犯罪时，如非法经营罪、逃税罪等，且涉及违纪所得拒不上缴的情节严重时，将依法追究刑事责任。
处理流程：
- 侦查阶段：公安机关对涉嫌犯罪的行为进行调查取证，包括收集关于违纪所得的证据。
- 审查起诉：检察机关对案件进行审查，决定是否提起公诉，并可能要求当事人上缴违纪所得作为量刑情节之一。
- 审判与执行：法院依法审理并作出判决，被告人需承担相应的刑事责任，包括有期徒刑、拘役、罚金等，并可能被要求上缴全部或部分违纪所得。
三、民事赔偿（虽不直接涉及上缴违纪所得，但相关）
- 若企业的违规行为（包括拒不上缴违纪所得导致的后果）给他人造成损害，如因违规经营导致消费者损失等，企业应承担相应的民事赔偿责任。
- 受害者可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式维护自身权益，要求企业赔偿因违规行为造成的损失。
总结与建议：
对于违规经商办企业拒不上缴违纪所得的行为，行政机关将依法进行行政处罚，包括追缴违纪所得和处以罚款等；若行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，我建议您或相关企业务必遵守法律法规，及时上缴违纪所得，以避免不必要的法律风险和损失。若已面临此类问题，建议尽快咨询专业律师或相关行政机关，以获取更具体的法律指导和帮助。