违规经商办企业违纪所得的认定，主要依据相关党纪法规，通过调查核实经营活动的合法性、资金来源以及收益情况等进行综合判定。
一. 违规经商办企业的认定
依据党纪法规：根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，党员干部违规经商办企业，是指违反党和国家关于党员干部不得经商办企业的规定，从事营利性活动。这包括但不限于个人独资、合资、合作经营企业，或者以他人名义但实际参与经营的企业等。
经营活动合法性：在认定过程中，会调查核实经营活动的合法性，包括企业注册、经营许可、税务缴纳等方面。若存在虚假注册、无证经营、偷税漏税等行为，将作为违规经商办企业的重要证据。
二. 违纪所得的认定
资金来源调查：对于涉嫌违规经商办企业的党员干部，会对其资金来源进行详细调查。包括投资款项的来源、企业经营过程中的资金流动等，以确定是否存在违规使用公款、贪污受贿等违法违纪行为。
收益情况核实：通过审计企业经营状况、查阅财务账目等方式，核实企业的收益情况。若企业收益异常高昂，与党员干部的合法收入明显不符，将作为认定违纪所得的重要依据。
综合判定：结合经营活动合法性、资金来源以及收益情况等多方面的证据，进行综合判定。若确认党员干部存在违规经商办企业行为，并且从中获取了不正当利益，那么这部分利益将被认定为违纪所得。
我建议，对于涉嫌违规经商办企业的党员干部，应积极配合调查，如实说明情况，提供相关证据材料。同时，也应加强自我约束，严格遵守党纪法规，避免触碰红线。如有进一步需要，您可以继续咨询我。