纪检部门收缴企业违法所得后，会依法上缴国库，并可能伴随行政处罚或移送司法机关处理。具体处理流程和后续措施如下：

1. 收缴与上缴国库
   纪检部门在调查企业违法违纪行为时，若发现企业存在违法所得（如通过贿赂、欺诈、偷逃税款等手段获取的利益），会依法予以收缴。收缴的违法所得会按照国家规定上缴国库，不会返还给企业或个人。这一过程体现了国家对违法行为的零容忍态度，也确保了公共利益的维护。

2. 行政处罚
   除了收缴违法所得外，纪检部门或相关行政机关（如市场监管部门、税务部门等）还可能根据企业的违法行为性质、情节及后果，对企业处以罚款、吊销营业执照、责令停产停业等行政处罚。这些处罚旨在惩罚企业的违法行为，并起到警示和预防作用。

3. 移送司法机关
   如果企业的违法行为涉嫌犯罪（如贪污贿赂、非法经营、偷税漏税等），纪检部门会将案件移送司法机关（如检察院、法院）进行刑事立案侦查和审判。在司法程序中，企业可能面临更严厉的刑事处罚，包括罚金、没收财产、有期徒刑等。

4. 企业整改与合规建设
   在违法所得被收缴并接受相应处罚后，企业应积极进行整改，加强内部合规建设，完善管理制度，防止类似违法行为再次发生。这不仅是企业履行社会责任的体现，也是企业持续健康发展的必要条件。

建议：如果企业面临纪检部门的调查或处罚，应积极配合调查工作，如实提供相关证据和资料。同时，企业可以寻求专业法律帮助，了解自身权利和义务，制定合理的应对策略，以最大程度地维护自身合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。