纪委收缴企业违法所得后，是否还会罚款需分情况讨论，具体如下：

1. 纪委的职能与处罚权限
   纪委（纪律检查委员会）主要负责党内监督、纪律审查和处分，其核心职能是查处党员干部的违纪行为（如贪污、受贿、滥用职权等）。根据《中国共产党纪律处分条例》和《中华人民共和国监察法》，纪委有权对违纪所得进行收缴（即“追缴”），但纪委本身无权直接对企业或非党员干部实施行政罚款。罚款属于行政处罚范畴，通常由行政机关（如市场监管局、税务局等）根据相关法律（如《行政处罚法》《反不正当竞争法》）作出。

2. 企业违法所得的收缴与罚款的关联性

   • 若企业违法涉及党员干部违纪：纪委在调查党员干部违纪时，若发现企业通过行贿、利益输送等手段获取违法所得，纪委会收缴该部分违纪所得（如赃款、赃物），但这是针对党员干部个人的纪律处分措施，不直接等同于对企业的罚款。
     
   • 若企业本身存在违法行为：如企业违反《公司法》《税法》《环保法》等，需由相关行政机关（如工商局、税务局、环保局）依法调查并作出行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。此时，纪委的收缴与行政机关的罚款是并行程序，互不替代。例如，企业因偷税被税务局罚款，同时涉案党员干部因受贿被纪委追缴赃款，两者可同时存在。

3. 特殊情形：监察委员会的调查
   根据《监察法》，监察委员会（与纪委合署办公）可对公职人员及行使公权力的组织（如国有企业）的违法行为进行调查。若企业属于监察对象（如国有企业），监察委在调查中可收缴违法所得，并依据《监察法》提出监察建议，但罚款仍需由有行政处罚权的机关作出。例如，国有企业违规发放补贴，监察委可追缴违规发放的款项，但罚款需由财政部门或上级主管部门决定。

总结建议：
纪委收缴违法所得主要针对党员干部违纪行为，不直接涉及企业罚款；企业罚款需由行政机关依法作出。若企业同时涉及违纪和违法，可能面临纪委追缴与行政罚款的双重处理。具体案件需结合违法主体、行为性质及法律程序综合判断，如有疑问可直接向我咨询细节。