结论：两个人签了协议书且法院已判决合法有效并生效的情况下，对方再告是否算侵害另一方的权益，不能一概而论，需根据具体情况判断。
分析如下：
协议书合法有效且已生效的法律意义
- 协议书一旦被法院判决为合法有效并生效，即具有法律约束力，双方均应按照协议内容履行各自的义务。
- 若一方违反协议约定，另一方有权依据协议和法院判决要求违约方承担相应的法律责任。
对方再告的可能情况及法律分析
- 情况一：对方基于新的事实或证据提起诉讼
- 如果对方在协议生效后发现了新的事实或证据，这些事实或证据可能改变原判决的结果或影响协议的履行，那么对方有权基于这些新的事实或证据向法院提起诉讼。
- 在这种情况下，对方的行为并不构成对另一方权益的侵害，而是依法行使诉讼权利。
- 情况二：对方无新事实或证据，仅以原协议内容为由重复起诉
- 如果对方没有新的事实或证据，仅以原协议内容为由重复起诉，且该诉讼与原判决内容重复或相矛盾，那么这种行为可能构成滥用诉讼权利。
- 在这种情况下，另一方可以依法提出抗辩，要求法院驳回对方的诉讼请求，并可能要求对方承担因滥用诉讼权利而造成的损失。
- 情况三：对方以协议无效或可撤销为由提起诉讼
- 如果对方认为协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、重大误解等），并据此向法院提起诉讼要求撤销或确认协议无效，那么这种行为是对方依法行使诉讼权利的表现。
- 然而，如果法院已经判决协议合法有效并生效，且没有新的证据或事实表明协议存在无效或可撤销的情形，那么对方的诉讼请求可能不会被法院支持。
法律建议
- 如果您作为协议的一方，面临对方再次提起诉讼的情况，建议您首先仔细审查对方的诉讼请求和事实依据。
- 如果对方没有新的事实或证据，或者其诉讼请求与原判决内容重复或相矛盾，您可以依法提出抗辩，并考虑要求对方承担因滥用诉讼权利而造成的损失。
- 如果您对对方的诉讼请求存在疑问或不确定如何应对，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
总结：在协议书合法有效且已生效的情况下，对方再告是否算侵害另一方的权益，需根据具体情况判断。如果对方基于新的事实或证据提起诉讼，则不构成侵害；如果对方无新事实或证据而重复起诉或滥用诉讼权利，则可能构成侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。