法院判决中如果明确写了协议有效，那么该协议在法律上通常会被认定为有效，但具体效力还需结合判决内容及实际情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法院判决对协议效力的直接认定
判决的权威性：法院判决是司法机关对案件争议问题作出的权威性裁决，具有法律约束力。如果判决中明确写明“协议有效”，那么这一认定在法律上具有确定性，除非存在法定事由（如判决被撤销、改判等），否则该协议在法律上应被视为有效。
判决内容的解读：判决中写明“协议有效”，通常意味着法院对协议的签订主体、内容、形式等方面进行了审查，并认为协议符合法律、行政法规的规定，不存在无效或可撤销的情形。因此，该协议在法律上具有执行力，当事人应按照协议约定履行义务。
二、协议有效性的具体判断标准
主体适格：协议签订双方应具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。如果一方或双方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经法定代理人同意或追认，则协议可能无效。
内容合法：协议内容应符合法律、行政法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、集体、第三人的利益。如果协议内容违法或违背公序良俗，则协议无效。
形式合规：根据法律、行政法规的规定，某些类型的协议需要采用书面形式或进行公证等特定形式。如果协议未采用法定形式，则可能影响其效力。但需注意，形式瑕疵并不必然导致协议无效，除非法律明确规定形式为协议生效的要件。
三、判决后协议效力的后续影响
执行问题：如果判决中写明协议有效，但一方或双方未按照协议约定履行义务，另一方可以向法院申请强制执行。法院将依据判决和协议内容，对违约方采取相应的执行措施。
变更或撤销：在特定情况下，如协议签订时存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，当事人可以在法定期限内向法院申请变更或撤销协议。但需注意，这一权利的行使需符合法定条件，并经过法院审查确认。
第三人影响：如果协议涉及第三人利益，且第三人认为协议损害其合法权益的，第三人可以在知道或应当知道权益受损之日起一定期限内向法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销协议。但这一权利的行使同样需符合法定条件，并经过法院审查确认。
建议：如果你对法院判决中关于协议效力的认定存在疑问，或者认为协议存在无效或可撤销的情形，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。