单位违法清退员工且声称清退文件隐密，这种行为是不合法的，员工有权维护自己的合法权益。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、单位违法清退员工的法律性质
单位违法清退员工，通常指的是单位在没有合法依据的情况下，单方面解除与员工的劳动合同。这种行为违反了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，属于违法解除劳动合同。根据该法，单位违法解除劳动合同的，应当向员工支付赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿则按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
二、清退文件隐密的法律问题
文件隐密性不改变违法事实：单位声称清退文件隐密，并不能改变其违法清退员工的事实。无论文件是否公开，只要单位没有合法依据解除劳动合同，就构成违法。
文件隐密可能涉及程序违法：如果单位在清退员工时，故意隐瞒或伪造相关文件，以规避法律责任，这种行为可能构成程序违法。员工在维权时，可以要求单位提供清退的合法依据和相关文件，如果单位无法提供或提供的文件存在瑕疵，将对其不利。
文件隐密可能侵犯员工知情权：员工有权了解自己被清退的原因和依据。如果单位故意隐瞒相关信息，侵犯了员工的知情权，员工可以依法维权。
三、员工的维权途径
与单位协商：员工可以先尝试与单位进行协商，要求单位说明清退的原因和依据，并要求单位支付相应的赔偿金。
申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资单、清退通知等。
提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。
四、法律建议
保留证据：员工在遭遇违法清退时，应尽可能保留相关证据，如劳动合同、工资单、清退通知、与单位的沟通记录等。这些证据将在后续的维权过程中发挥重要作用。
及时维权：员工在发现自己被违法清退后，应及时采取行动，不要拖延时间。因为劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
寻求专业帮助：如果员工在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助。律师将能够提供专业的法律意见和维权策略，帮助员工更好地维护自己的合法权益。
综上所述，单位违法清退员工且声称清退文件隐密的行为是不合法的。员工有权了解自己被清退的原因和依据，并要求单位支付相应的赔偿金。如果单位拒绝支付或协商无果，员工可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。