公司辞退员工时要求办理手续并签订保密协议，这一行为本身是合法的，但具体是否有效及是否需要签订，需根据保密协议的内容及双方协商情况来确定。以下从不同角度进行分析：

保密协议的法律基础与效力

保密协议是用人单位与劳动者之间就保护商业秘密和与知识产权相关的保密事项所达成的具有法律约束力的约定。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，只要保密协议的内容合法、有效（即不存在违反法律法规强制性规定、欺诈胁迫等情形），该协议自双方签字盖章之日起即具备法律效力。这种效力并不因劳动关系的终止（如被公司辞退）而受到影响。因此，如果保密协议内容合法，且双方自愿签订，那么该协议是有效的，劳动者需继续履行保密义务。

辞退员工时签订保密协议的合法性

1. 自愿原则：公司辞退员工时，要求签订保密协议应遵循自愿原则。如果劳动者愿意签订，且协议内容合法，那么这一行为是合法的。如果劳动者不愿意签订，公司不能强制其签订，否则可能构成违法行为。

2. 内容合法性：保密协议的内容必须合法，不能包含违反法律法规强制性规定的条款。例如，不能要求劳动者承担无限期的保密义务，或者要求劳动者承担不合理的保密费用等。如果协议内容违法，那么该协议是无效的。

3. 经济补偿：如果保密协议中包含了竞业限制条款（即对劳动者离职后从事特定行业或职业的限制），并且劳动者遵守了这些限制，那么公司有义务按照协议约定，在竞业限制期限内按月向劳动者支付经济补偿。这是公司对劳动者遵守竞业限制约定的一种补偿和激励。如果公司未支付经济补偿，劳动者可能有权解除竞业限制约定，但这并不影响保密协议本身的有效性。

实际操作中的建议

1. 审查协议内容：在签订保密协议前，劳动者应仔细审查协议内容，确保协议内容合法、合理，并且自己能够履行。如果对协议内容有疑问或不确定的地方，可以寻求专业法律意见。

2. 协商与沟通：如果劳动者对签订保密协议有顾虑或不愿意签订，可以与公司进行协商和沟通。双方可以就协议内容、保密期限、经济补偿等事项进行协商，以达成双方都能接受的协议。

3. 保留证据：在签订保密协议后，劳动者应妥善保管协议原件或复印件等证据材料。如果日后发生纠纷或争议，这些证据材料将有助于维护自己的合法权益。

总结来说，公司辞退员工时要求办理手续并签订保密协议，这一行为本身是合法的，但具体是否有效及是否需要签订，需根据保密协议的内容及双方协商情况来确定。如果劳动者对签订保密协议有疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。