针对您提出的“违规存储了含有工作秘密的文件怎么处理”的问题，首先我要强调的是，处理这类情况需要谨慎且遵循相关法律法规和公司规定。以下是我为您提供的具体建议：

1. 立即停止违规行为：

   • 一旦发现违规存储了含有工作秘密的文件，应立即停止该行为，并确保不再继续发生类似情况。

2. 评估风险与影响：

   • 对违规存储的文件进行风险评估，了解文件内容是否涉及敏感信息、是否已被不当传播或利用，以及可能对公司或个人造成的潜在影响。

3. 报告与沟通：

   • 及时向公司相关部门或上级领导报告此事，说明违规情况、已采取的措施及后续计划。
   • 与涉及文件的同事或相关部门进行沟通，确保信息透明，共同协作处理后续事宜。

4. 采取补救措施：

   • 根据风险评估结果，采取适当的补救措施，如删除违规存储的文件、恢复系统安全设置、加强访问控制等。
   • 如有必要，可寻求专业技术支持，确保文件得到妥善处理，防止信息泄露。

5. 遵守法律法规与公司规定：

   • 仔细审查相关法律法规及公司规定，确保后续处理过程符合法律要求。
   • 如涉及法律责任，应积极配合相关部门调查，并承担相应责任。

6. 加强培训与意识提升：

   • 针对此次违规事件，组织相关人员进行信息安全培训，提高员工对信息安全重要性的认识。
   • 强化保密意识，确保员工了解并遵守公司关于信息安全和保密的规定。

综上所述，处理违规存储含有工作秘密的文件需要综合考虑多个方面，包括立即停止违规行为、评估风险与影响、报告与沟通、采取补救措施、遵守法律法规与公司规定以及加强培训与意识提升。如您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。