当单位收到秘密文件时，处理过程需要极其谨慎，以确保文件的安全性和保密性。以下是一套详细的处理流程和建议：

一、接收与初步审查

1. 接收文件：由指定的机要文秘人员或保密专员负责接收秘密文件，确保文件在传递过程中不被泄露或损坏。
2. 初步审查：接收后，应立即对文件进行初步审查，确认文件的密级、来源、接收日期等关键信息，并检查文件是否完整无损。

二、登记与分类

1. 详细登记：在专门的涉密文件登记簿上详细记录文件的名称、密级、来源、接收日期、接收人等信息，以便后续管理和追踪。
2. 分类存放：根据文件的密级和内容，将文件存放在相应的保密柜或保密室中，确保不同密级的文件分开存放，避免交叉污染。

三、阅读与传达

1. 限制阅读范围：秘密文件应仅限于必要的人员阅读，且阅读时应在指定的保密场所进行，避免在公共场所或非保密环境中阅读。
2. 严格传达程序：如需将文件内容传达给其他人员，应严格按照规定的程序进行，确保传达过程中不泄露文件内容。

四、归档与保管

1. 归档要求：根据文件的归档范围，确定是否需要归档。对于需要归档的秘密文件，应按照规定的归档程序进行整理、编号和归档。
2. 保管措施：归档后的秘密文件应存放在综合档案室的保密柜中，配备防盗门窗和视频监控等设施设备，确保文件的安全。同时，落实出入库管理制度和档案借阅审批制度，严格控制文件的借阅和使用。

五、清退与销毁

1. 清退要求：对于按照规定应当清退的秘密文件，应及时如数清退给发文机关或相关部门，不得自行销毁或留存。
2. 销毁程序：对于需要销毁的秘密文件，应经本机关、单位主管领导审核批准，并履行清点、登记手续。销毁时应确保秘密信息无法还原，采用焚毁、化浆等方法处理纸介质秘密载体，或采用物理或化学方法彻底销毁磁介质、光盘等秘密载体。销毁工作应在保密工作部门指定的销毁单位进行，严禁涉密文件资料流入旧货市场、再生资源集散市场等场所。

六、保密教育与培训

1. 加强保密教育：定期对机要文秘人员、保密专员和相关人员进行保密教育，提高他们的保密意识和技能水平。
2. 建立保密制度：建立健全保密规章制度，明确保密责任和义务，确保秘密文件在处理、保管、销毁等各个环节都得到严格管理。

七、应急处理

1. 制定应急预案：针对可能发生的涉密文件泄露、丢失等紧急情况，制定应急预案，明确应急处理流程和责任分工。
2. 及时报告与处理：一旦发生涉密文件泄露、丢失等紧急情况，应立即报告相关部门和领导，并按照应急预案进行及时处理，防止事态扩大。

综上所述，单位收到秘密文件后，应严格按照上述流程进行处理，确保文件的安全性和保密性。同时，加强保密教育和培训，提高相关人员的保密意识和技能水平，也是保障秘密文件安全的重要措施。