结论：公司辞退员工，若员工违反保密协议下载公司资料，员工是否需要赔偿取决于多个因素，包括保密协议的具体内容、员工的行为性质、公司的损失情况等。以下从不同角度进行分析：
一、保密协议的法律效力
保密协议的有效性：首先，需要确认保密协议是否合法有效。保密协议应当明确保密信息的范围、保密期限、保密义务以及违约责任等条款。如果保密协议符合法律法规的规定，且双方自愿签订，那么该协议具有法律效力。
保密义务的范围：员工在保密协议下承担的保密义务，通常包括不得泄露、使用或允许他人使用公司的保密信息。下载公司资料，如果这些资料属于保密协议中约定的保密信息范畴，那么员工的行为就可能构成违约。
二、员工行为的性质
故意或过失：员工下载公司资料的行为，如果是故意的，即明知是保密信息而仍然下载，那么这种行为更可能被认定为违约。如果是过失，比如误下载或不知情下载，那么违约的认定可能会相对宽松一些，但仍然可能构成违约，具体取决于保密协议的约定和实际情况。
行为的目的和后果：员工下载资料的目的，如果是为了个人利益或泄露给第三方，那么这种行为更可能被认定为恶意违约。如果下载资料后并未造成公司损失或泄露，那么违约的严重性可能会相对较低。
三、公司的损失情况
实际损失：公司需要证明因员工违反保密协议下载资料而遭受了实际损失。这包括直接损失（如资料泄露导致的商业机会丧失、客户流失等）和间接损失（如公司声誉受损、需要采取补救措施的费用等）。
赔偿范围：如果公司能够证明实际损失，那么员工可能需要按照保密协议的约定或法律法规的规定，承担相应的赔偿责任。赔偿范围通常包括公司的直接损失和合理的间接损失。
四、法律建议
审查保密协议：公司应首先审查保密协议的具体内容，确认员工的行为是否构成违约以及违约的严重程度。
收集证据：公司应收集相关证据，证明员工违反了保密协议以及因此遭受的损失。这包括下载资料的记录、资料的内容、损失的计算依据等。
协商或诉讼：公司可以与员工进行协商，要求员工承担赔偿责任。如果协商不成，公司可以向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求员工赔偿损失。
员工应对：对于员工而言，如果认为自己并未违反保密协议或公司的损失并非由自己的行为导致，可以积极应诉并提供相关证据进行抗辩。
举例说明：假设某公司与员工签订了保密协议，约定员工不得泄露公司的客户名单。员工在离职前下载了客户名单并泄露给了竞争对手，导致公司客户流失和商业机会丧失。在这种情况下，员工的行为明显违反了保密协议，且给公司造成了实际损失。因此，员工可能需要按照保密协议的约定或法律法规的规定，承担相应的赔偿责任。
进一步思考：在实际操作中，公司应加强对保密信息的管理和保护，完善保密制度和措施，以降低保密信息泄露的风险。同时，员工也应增强保密意识，遵守保密协议的规定，避免给自己和公司带来不必要的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。