结论：在部队医院上班的合同制员工休假是否要按部队的执行，需根据具体情况判断，主要取决于合同约定、医院规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合同明确约定：如果合同制员工与部队医院签订的劳动合同中明确规定了休假制度，且该制度与部队的休假制度一致或有所调整但双方均认可，那么员工应按照合同约定的休假制度执行。
   • 合同未明确约定：若劳动合同中未明确规定休假制度，或者规定不明确，那么员工休假制度可能需参照部队医院的相关规章制度或国家相关法律法规执行。

2. 医院规章制度角度：

   • 医院有独立规章制度：部队医院作为用人单位，有权根据自身实际情况制定规章制度，包括休假制度。如果医院有独立的、与部队休假制度不同的休假规定，且该规定不违反国家法律法规，那么合同制员工应按照医院的规章制度执行休假。
   • 医院无独立规章制度或规章制度未明确：若医院没有独立的休假规章制度，或者规章制度中未明确休假制度，那么员工休假可能需参照部队的休假制度或国家相关法律法规。

3. 法律法规角度：

   • 国家法律法规优先：无论合同如何约定，医院规章制度如何规定，都不能违反国家法律法规关于休假制度的规定。例如，《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规对员工的休假权利有明确规定，部队医院和合同制员工都应遵守。
   • 特殊规定适用：如果部队医院属于特殊行业或特殊岗位，可能存在针对该行业或岗位的特殊休假规定。在这种情况下，合同制员工应遵守这些特殊规定，但前提是这些规定不违反国家法律法规。

建议：

• 查阅合同：首先查阅与部队医院签订的劳动合同，了解其中关于休假制度的具体约定。
• 咨询医院：如果合同中未明确规定或规定不明确，可以咨询部队医院的人事部门或相关负责人，了解医院的休假规章制度。
• 了解法律法规：同时，也可以了解国家关于休假制度的法律法规，确保自己的休假权利得到保障。

可能后果：

• 如果违反休假制度：如果合同制员工未按照合同约定、医院规章制度或国家法律法规执行休假制度，可能会面临纪律处分、工资扣除等后果。
• 如果休假权利受侵害：如果合同制员工的休假权利受到侵害，可以通过合法途径维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。

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