结论：在建筑合同纠纷中，若合同已约定审计后付款，而双方对审计结果存在争议，法院在特定条件下可以直接委托司法审计，但并非在所有情况下都会直接进行司法审计，而是会根据案件具体情况和法律规定来决定。

详细分析：

1. 合同约定与司法审计的关系：

   • 建筑合同中双方约定的审计条款，是双方对工程价款结算方式的一种约定，具有法律约束力。若合同明确约定了审计后付款，且审计结果作为付款的依据，那么双方应首先按照合同约定进行审计。
   • 然而，当双方对审计结果存在争议，且无法通过协商达成一致时，一方或双方可能会寻求法律途径解决。此时，法院在审理案件时，会考虑合同约定、审计的合理性、公正性以及双方当事人的举证情况等因素。

2. 法院直接委托司法审计的条件：

   • 争议焦点明确：法院在决定是否直接委托司法审计时，会首先审查双方争议的焦点是否确实涉及审计结果的准确性或合理性。若争议焦点明确且与审计结果直接相关，法院可能会考虑委托司法审计。
   • 审计机构或审计结果存在瑕疵：若一方或双方对审计机构的资质、审计程序的合法性或审计结果的公正性提出质疑，且这些质疑有合理依据，法院可能会认为有必要通过司法审计来查明事实。
   • 双方无法协商一致：在双方对审计结果存在争议且无法通过协商达成一致的情况下，法院可能会认为司法审计是解决争议的有效途径。

3. 司法审计的法律依据与程序：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律规定，法院在审理案件过程中，为了查明案件事实，可以委托具有相应资质的机构进行鉴定或审计。
   • 程序要求：法院委托司法审计时，会遵循严格的程序要求，包括选择具有相应资质的审计机构、明确审计的范围和目的、确保审计过程的公正性和透明性等。同时，双方当事人也有权对审计过程提出异议或申请重新审计。

4. 可能的情况与建议：

   • 情况一：若合同明确约定了审计条款，且审计过程合法合规，但双方对审计结果存在争议，法院可能会先尝试通过调解或协商解决争议。若调解或协商无果，且法院认为有必要，则可能会委托司法审计。
   • 情况二：若合同未明确约定审计条款，或审计过程存在瑕疵，双方对审计结果存在争议，法院在审理案件时可能会更加倾向于委托司法审计以查明事实。
   • 建议：在签订建筑合同时，双方应明确约定审计条款，包括审计机构的选定、审计程序的规范、审计结果的确认方式等。同时，在审计过程中，双方应积极配合审计机构的工作，确保审计过程的合法合规。若对审计结果存在争议，应及时寻求法律途径解决，并准备好相关证据材料以支持自己的主张。

总结：在建筑合同纠纷中，若合同已约定审计后付款且双方对审计结果存在争议，法院在特定条件下可能会直接委托司法审计。但具体是否进行司法审计还需根据案件具体情况和法律规定来决定。因此，在处理此类纠纷时，建议双方积极协商、准备充分证据材料，并寻求专业律师的帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。